Это было чрезвычайно веское свидетельство‚ и обвинителям Бейлиса требовалось противопоставить ему нечто существенное. Тогда и появился некий Иван Козаченко‚ полицейский осведомитель‚ только что освобожденный из тюрьмы. Он сидел в одной камере с Бейлисом и сообщил следователю‚ что тот просил его отравить двух свидетелей – «какого-то фонарщика» и человека по прозвищу «лягушка»: «А если бы я удачно всё сделал‚ то мне дали бы столько денег‚ что хватило бы на всю мою жизнь‚ причем деньги эти дала бы вся еврейская нация…»
Чаплинский доложил о показаниях Козаченко министру юстиции‚ а тот – Николаю II: «Добыты прямые указания на то‚ что одним из участников означенного преступления является еврей Мендель Бейлис». И 20 января 1912 года киевская судебная палата утвердила обвинительный акт о предании суду Менделя Бейлиса. Ему предъявили обвинение в предумышленном убийстве Ющинского – «по мотивам‚ в точности не выясненным предварительным следствием». О ритуальном характере убийства не было сказано‚ но и в таком виде обвинительный акт вызывал сомнения у многих. Начальник киевского жандармского управления докладывал в департамент полиции о «недостаточности собранных улик» против Бейлиса‚ о «поспешности заключений и даже односторонности».
Киевский губернатор сообщал более откровенно: «По имеющимся у меня сведениям процесс, несомненно, окончится оправданием обвиняемого». А министр внутренних дел в «совершенно секретном» письме предостерег министра юстиции: «Возможный исход этого дела в смысле оправдания обвиняемого произведет на русское население крайне тягостное впечатление‚ и наоборот‚ в среде инородцев‚ особенно евреев‚ вызовет ликование». На осень 1912 года были назначены выборы в четвертую Думу‚ а потому министр внутренних дел предложил провести суд после выборов – «в ограждение русских избирателей от всяких потрясений». И слушание дела было отложено.
В мае 1912 года киевские газеты опубликовали сенсационный материал – результаты частного расследования убийства Андрея Ющинского. Его провели по своей инициативе уволенный со службы следователь И. Красовский и журналист С. Бразуль-Брушковский – они-то и выяснили истинные обстоятельства дела. В начале 1911 года в Киеве произошли ограбления богатых квартир и магазинов; успешно работала шайка воров‚ у которых было укромное убежище на окраине Киева‚ в квартире жены почтового чиновника Веры Чеберяк. Туда приносили краденые вещи, оттуда их переправляли в другие города; в квартире Чеберяк воры отдыхали‚ устраивали попойки‚ обсуждали свои планы. Андрей Ющинский дружил с Женей‚ сыном хозяйки квартиры‚ часто бывал у них‚ слышал разговоры взрослых, видел, как приносили краденое. Он был своим в этом доме; его не опасались‚ и было у него два прозвища – «байстрюк» и «домовой».
В марте 1911 года полиция задержала несколько грабителей и провела обыск в квартире Чеберяк. Это обеспокоило оставшихся на свободе воров: они решили‚ что кто-то на них донес, выдал полиции их притон. В те же дни произошел эпизод‚ внешне незначительный‚ который привел к трагедии. 12 марта Андрей Ющинский не пошел в училище‚ а вместо этого оставил у Жене в квартире пальто‚ учебники с тетрадями‚ – и приятели отправились на прогулку. Во время игры они поссорились‚ Женя сказал Андрею примерно следующее: «Вот я скажу твоей матери‚ что ты не ходишь в школу»‚ – тот ответил на это: «А я расскажу всем‚ что у твоей матери в квартире краденые вещи».
Женя Чеберяк вернулся домой, всё рассказал своей матери. В это время в квартире находились трое воров – Борис Рудзинский, Петр Сингаевский‚ брат Веры Чеберяк, и Иван Латышев (Ванька Рыжий); они услышали про угрозу Андрея и решили избавиться от опасного свидетеля. Вера Чеберяк послала сына за Андреем; Женя привел своего друга к дому‚ сам остался на улице‚ а Андрей вошел в квартиру. Бандиты зверски убили мальчика‚ труп бросили в пещеру и уехали в Москву.
Защитники Бейлиса отстаивали на суде эту версию, обвинение отрицало ее как «выдуманную»‚ – многие тогда полагали‚ что версия основана лишь на частном расследовании Красовского и Бразуль-Брушковского. Но после Февральской революции 1917 года «Чрезвычайная следственная комиссия временного правительства по делу Бейлиса» допросила бывших должностных лиц‚ обнародовала секретные архивные материалы, и выяснилось‚ что киевское жандармское управление вело собственное расследование этого дела и пришло к подобным же выводам.