Никто вначале не предполагал‚ каким громким окажется это дело‚ и в еврейской газете сообщили: «В ближайшие дни предстоит освобождение Бейлиса‚ всему этому эпизоду в деле Ющинского будет положен конец». Прокурор Брандорф уговаривал Чаплинского освободить Бейлиса за недостатком улик‚ а следователь по особо важным делам Фененко отказывался продлить срок его ареста. «Лживость показаний целого ряда свидетелей против Бейлиса настолько очевидна‚ – сообщал он впоследствии‚ – что о привлечении Бейлиса к делу в качестве обвиняемого не могло быть и речи». Даже свидетель Шаховский неожиданно показал на допросе: «Относительно мужчины с черной бородой Женя мне ничего не говорил‚ это я прибавил сам от себя». Однако Чаплинский‚ по-видимому‚ уже получил согласие министра юстиции на проведение процесса и потому был непоколебим. Не случайно говорили о Чаплинском знающие его люди: «Он ничего не предлагал‚ а только говорил всегда: как угодно министру».
Бейлису предъявили обвинение в убийстве Ющинского‚ и версия прокуратуры была наконец выстроена. Первое – Андрей Ющинский играл с детьми на территории кирпичного завода‚ и его утащил к обжигательной печи некий «еврей с черной бородой»; второе – на территории завода располагалась шорная мастерская‚ а в ней были в избытке шила‚ орудия убийства мальчика; и третье – наследники Ионы Зайцева‚ в память об отце‚ за несколько дней до убийства заложили на территории завода фундамент дома для престарелых рабочих: по мнению прокуратуры‚ для освящения нового здания тоже требовалась христианская кровь.
Газета «Земщина» сообщила в те дни: «Наконец‚ кажется‚ дело выходит на путь истинный!» В октябре 1911 года сгорела квартира Бейлиса на кирпичном заводе, которую подожгли неизвестные лица; семья Бейлиса не пострадала…
В газете «Русское знамя» писали: «Что же наше духовенство молчит? Что же оно не реагирует на зверское ритуальное убийство жидами мальчика Андрея Ющинского?..» Действительно‚ митрополит Филарет и высшие иерархи православной церкви не поддерживали подобные обвинения‚ а греческий патриарх Григорий еще в 1870 году осудил этот «внушающий отвращение предрассудок нетвердых в вере людей». Архиепископ Антоний Волынский говорил: «Ничего не поделаешь с темнотой народа… Это зло уже не первый век существует‚ и вечно одно и то же… Меня еврейские газеты не любят‚ но я во имя справедливости заявляю: не нужна евреям кровь». Деятели Союза русского народа намеревались возвести Ющинского в «сонм мучеников», поставить часовню на том месте‚ где обнаружили его тело‚ но разрешения на это не получили.
В октябре 1911 года петербургское Религиозно-философское общество признало «процесс Бейлиса оскорблением всего русского народа». В газетах появилось обращение «К русскому обществу» – с подзаголовком «По поводу кровавого навета на евреев». Подписали его В. Короленко, М. Горький‚ Л. Андреев‚ Д. Мережковский‚ З. Гиппиус‚ Ф. Сологуб, А. Блок; поставили свои подписи профессора и академики‚ члены Государственного Совета и депутаты Государственной Думы – всего 160 человек. «Во имя справедливости‚ во имя разума и человеколюбия мы поднимаем голос против новой вспышки фанатизма и темной неправды… Бойтесь сеющих ложь. Не верьте мрачной неправде‚ которая много раз уже обагрялась кровью‚ убивала одних‚ других покрывала грехом и позором!..»
На это обращение откликнулись 200 германских ученых‚ писателей‚ политиков – среди них Т. Манн и Г. Гауптман. Французские общественные деятели во главе с А. Франсом потребовали‚ чтобы «подобные обвинения не находили больше веры в цивилизованной стране». В Англии протест подписали 240 человек‚ среди них – архиепископ‚ кардинал‚ председатель палаты общин‚ члены парламента. Они назвали «кровавый навет» «пережитком времен колдовства и черной магии… клеветой на иудаизм‚ оскорблением западной культуры‚ позором для тех церквей‚ во имя которых невежественные фанатики поднимали свое ложное обвинение»‚ – русский консул доложил в Петербург о «посягательстве на наши внутренние дела со стороны англичан‚ подбитых к этому евреями».
В Европе проходили митинги протеста‚ а Бейлис сидел пока что в киевской тюрьме‚ в тесной камере на 40 арестантов. Следствие шло без видимых результатов; Бейлис не признавал себя виновным, черносотенцы требовали применить к нему пытки‚ а прокурор Чаплинский регулярно докладывал министру юстиции: «никаких новых данных к подкреплению виновности Менделя Бейлиса следствием не добыто». Вскоре дала показания соседка Веры Чеберяк‚ которая жила на первом этаже‚ непосредственно под воровским притоном. В день убийства‚ утром‚ она услышала‚ как дверь в квартиру Чеберяк сильно хлопнула, послышались быстрые детские шаги: по всей видимости‚ в комнату убегал ребенок. Затем раздались быстрые шаги взрослых людей в том же направлении – детский плач‚ писк‚ какая-то возня. Голос ребенка‚ уверяла соседка‚ не был похож на привычные ей голоса детей Веры Чеберяк: «Мне ясно было‚ что ребенка схватили и что-то с ним сделали…»