Нидерландский гуманист Юст Липсий (1547–1606) был образцовым философом-филологом. Он считал, что изучение античной философии поможет найти общий знаменатель между позициями католиков и протестантов. Он рассуждал так: всеведение Бога – это атрибут его совершенства, тогда как предопределение, направленное на несовершенные вещи, например на отдельного человека, уже не будет совершенством. Поэтому неправы последователи Кальвина, выводящие из непостижимости Божьей воли роковое предопределение, делающее возможным спасение только верой. Предопределение можно понимать только как вечное свойство Божие, вечное милосердие и вечную справедливость. Но неправы и те католики, которые пытаются опереться на свойства Божии и считают, что если они станут милосердными и справедливыми, то непременно спасутся. Ведь они могут не успеть осуществить эти качества или осуществят эти качества по каким-то готовым образцам и потому совершенно неправильно. Тогда их настигнет фатум – Липсий возвращает из античной философии и религии слово «фатум» для обозначения вот этой земной необходимости, мешающей быть добродетельным: скажем, болезнь помешала совершить добрые дела или неправильное понимание ситуации обратило добрые намерения во зло. Человек должен понять, что его воля свободна, хотя Лютер учил противоположному, но она ограничена фатумом, а предопределение Божие позволяет освободить человека даже от фатума его свободной воли, когда человек постигнет бесконечность милосердия Божьего. Человеку нужен «штурвал благоразумия (предусмотрительности) и компас добродетели», чтобы пройти по морю жизни в гавань божественной мудрости.
В ответ на Реформацию появляется Контрреформация, во главе с орденом Иисуса (иезуитами), которая создает новые формы работы над собой с помощью текстов, такие как ежевечерняя письменная исповедь – ни один духовник не успевал бы исповедовать всех учащихся каждый вечер. Из этой письменной исповеди и возникли дневники как опыт ежедневного самоотчета.
В эпоху Контрреформации возникает «вторая схоластика», интеллектуальное барокко, самый яркий философ которой – иезуит испанец Франсиско Суарес (1548–1617). Протестантизм утверждал, что только Бог может толковать «естественный закон», те правила, по которым существует мир, и потому мы как способные познавать только волю Бога как уже истолковавшую этот закон, но не сами правила, и потому спасение возможно только верой. Суарес заявил, что естественный закон не только толкуется, но и толкует, например, когда мы любим или ненавидим, мы не только выполняем или не выполняем заповедь, но и показываем, что в мире еще возможна любовь или каким-то образом возникает ненависть. Мы до некоторой степени выступаем режиссерами мира, и познаем тогда не только волю Бога, но и соответствие наших поступков воле Бога, а значит, и устройство вещей. Из этого следовал важнейший тезис Суареса: мы познаем не индивидуальные вещи и не общие понятия, а первичные различения, иначе говоря, возможность вещи отклоняться от ее собственного замысла, несоответствия. Например, какая-то вещь была задумана конечной во времени, а о ней продолжают помнить, или наоборот, какая-то вещь задумывалась как вечная, но под действием другой вещи слилась с третьей вещью. Из этих отклонений и можно вывести основные философские понятия, такие как индивидуальность или единство, а также рассмотреть время, память и другие понятия, которые мы сейчас относим к «экзистенциальным», касающимся существования, а не сущности. Мысль Суареса повлияла в XX веке на позицию Мартина Хайдеггера, в молодости много им занимавшегося, что экзистенциальное различение предшествует логическому отождествлению вещей, а через Хайдеггера – и на всю континентальную философию, например на такого экзистенциалиста, как Жан-Поль Сартр.