Накопившееся недовольство окружающим невольно прорывалось наружу. Сталкиваясь с проявлениями невежества или намеренного унижения разума, Бруно с трудом сдерживался, терял осторожность. Так, однажды во время диспута в монастыре он выступил в защиту знаменитого ересиарха IV века Ария, утверждавшего тварную природу Христа. Когда один из видных богословов с пренебрежением отозвался о нём, как о человеке малообразованном и неспособном даже связно изложить своё учение, Бруно с горячностью возразил, что с логической стороны арианство выглядит не менее обоснованно, чем сочинения отцов церкви.
В монастыре всё чаще вспоминали один случай. Как-то раз монахи развлекались шуточным гаданием по книге Ариосто «Неистовый Роланд»: нужно было наугад указать «вещую» строку. Бруно открыл поэму на строке, которую теперь многие воспринимали вполне серьёзно: «Враг всякого закона, всякой веры…»
Кончилось тем, что в 1576 году против него было возбуждено преследование по обвинению в ереси. Собрав сведения о прошлом брата Джордано, о его речах и мнениях, следователи насчитали 130 пунктов, по которым он отступил от учения Католической церкви.
Дабы сохранить за собой свободу действий, Бруно бежал в Рим, где надеялся оправдаться. Вечный город встретил его шумным празднованием свадьбы Джакомо Буонкампаньи, незаконного отпрыска 80-летнего папы Григория XIII, с графиней Ди Сантафиоре. Однако Рим был не лучшим местом для беглых еретиков. Редкий год не был отмечен огненным спектаклем инквизиции. Так, в 1567 году был обезглавлен и сожжён бывший папский протонотарий Пьетро Карнесекки вместе с его братом; в 1568-м на костёр взошли пять человек, на следующий год — ещё четверо, в том числе философ и поэт Аонио Палеарио. Костры пылали в Риме и в 1572, и в 1573 годах.
Бруно укрылся в доминиканском монастыре Санта Мария делла Минерва. По прошествии нескольких дней он узнал от своих неаполитанских друзей, что при обыске в его келье нашли комментарии Эразма Роттердамского к некоторым сочинениям свв. Иеронима и Иоанна Златоуста. Книга эта значилась в папском «Индексе», ибо Эразм в своих комментариях всячески подчёркивал, насколько далеко отстоят богатство и развращённость католического духовенства от обычаев и нравов ранних христиан.
Предупреждённый о том, что в Риме вот-вот готовы санкционировать процесс против него, Бруно покинул папскую столицу. С невероятным облегчением он сложил с себя монашеские обеты и сбросил монашеское одеяние.
Да, теперь он — изгнанник, беглец и даже хуже того — отступник. Но зато у него больше нет нужды таить свои мысли. Отныне его призвание в том, чтобы нести людям своё философское евангелие, благую весть разума, не стеснённого оковами церковной ортодоксии.
«Философия рассвета»
Джордано Бруно всегда подчёркивал научный характер своего учения, хотя правильнее говорить не о научности его философской системы, а об её интеллектуализме. При этом он не скрывал глубочайшего родства своего метода с поэтическим озарением:
Действительно, в любом из диалогов Бруно, в которых он брался изложить те или иные аспекты своей философии, призванной заменить традиционное богословское мировоззрение, «истинное» знание открывается через сложную систему образов, метафор и символов. Аналитическому исследованию здесь почти нет места. Следовательно, это сокровенное знание, наука для посвящённых, своеобразная религия ума или умственная религия, а философ, в понятии Бруно, — это поэт или, точнее, маг, заключающий образы своей памяти в поэтическую форму. Таким образом, метод познания чрезвычайно значим для характеристики «ноланской философии». В определённом смысле его можно назвать магическим.