Пруссия и Австрия заключили договоры с Францией об оказании помощи последней в случае войны с Россией, а Пруссия еще и о прохождении войск Наполеона через ее земли на Москву. Люди, разбирающиеся в политике, уже прекрасно понимали, что войны в этом году не миновать. И войны — на своих территориях.
В начале года Филарет исполнял поручение Комиссии духовных училищ образовать для учеников, окончивших Санкт-Петербургскую семинарию, класс чтения Священного Писания и Святых Отцов и руководства к прохождению священнослужительных должностей. Вскоре его ожидало весьма важное назначение. Ректор Санкт-Петербургской духовной академии Сергий (Крылов-Платонов) получил костромскую кафедру, где его рукоположили в епископы. А новым ректором был назначен двадцатидевятилетний архимандрит Филарет. Это означало, что он признан не только как замечательный проповедник, но и как лучший среди преподавателей. За три года в академии он прочел и обработал полный курс богословских наук. Студенты в нем души не чаяли. По их воспоминаниям, Филарет «говорил остро, высоко, премудро; свободно делал изъяснения Священного Писания. Как бы все лилось из уст его. Привлекал учеников так к слушанию себя, что когда часы кончались ему преподавать, всегда оставалось великое усердие слушать его еще более без ястия и пития. Всем казалось истинно приятно, совершенно его учение. Все доказывало, что он много в науках занимался».
Без преувеличения можно сказать, что с его приходом на ректорскую должность начался расцвет академии. Первым делом он переработал академический устав, затем исправил уставы духовных семинарий, уездных и приходских училищ. И на все это у Филарета, не имевшего никаких помощников, ушло шесть недель. Через многие годы он говорил, что так много работать ему не доводилось ни до этой должности, ни после.
Вдобавок, став ректором, Филарет обязан был теперь посещать заседания Санкт-Петербургской духовной консистории — учреждения, призванного управлять епархией и вершить духовные суды. Это отнимало время, поскольку заседания проходили пять раз в неделю.
Вскоре после назначения ректором, 27 марта 1812 года, архимандрит Филарет получил в свое ведение и монашескую обитель — его определили настоятелем новгородского Юрьева монастыря. Монастырь этот считался одним из знаменитейших на Святой Руси. Основанный Ярославом Мудрым, он носил его крестильное имя, поскольку Ярослав в крещении был назван в честь святого Георгия Победоносца. Главный храм монастыря — Георгиевский собор, в котором покоились Федор Ярославич и Феодосия Мстиславна — брат и мать Александра Невского, по великолепию уступал только Софии новгородской. Впрочем, после секуляризации монастырских вотчин в 1770-х годах Юрьев монастырь потерял значительную часть своих владений и пришел в запустение. А в 1810 году он к тому же пережил сильный пожар, уничтоживший все деревянные постройки. Так что новому настоятелю приходилось решать огромное количество хозяйственных вопросов. Академия, консистория, монастырь — вот сколько всего разом обрушилось на молодого архимандрита!
Утопая в заботах, он встречал Пасху 1812-го. Вместе со всеми ночью вглядывался в небо, в котором висела устрашающая комета. Она появилась еще в прошлом году, но в этом стала ярче, хвост ее, задранный кверху, распушился. Казалось, светящееся гривастое чудовище падает на землю, хотя на самом деле комета уже удалялась от Земли и Солнца, уходя в глубины Вселенной. Небесный предвестник земных бед…
Накануне Пасхи, в Страстную пятницу, Филарет читал проповедь в придворной соборной церкви в присутствии государыни Елизаветы Алексеевны и вдовствующей императрицы Марии Федоровны, а также братьев и сестры государя. Страстная пятница — самый скорбный день, самый строгий пост. Христос распят и погребен, и Его воскрешение будет только завтра.
— Да не будет, христиане, чтобы мы нашего Вождя воображали хотя на минуту побежденным, когда видим Его мучима и бездыханна, — говорил Филарет. — Вчера на вечерней трапезе ясно предначертал Он события настоящего дня — и предложил в снедь свое тело, ныне терзаемое, дал в питие кровь, ныне изливаемую.
Вскоре и России суждено было быть распятой, терзаемой, окровавленной, чтобы воскреснуть и воссиять во славе.
— О, кресте славы! Не буди отныне древом проклятия и ужаса, но древом благословения и мира; повергни к подножию твоему языческие оливы и лавры; взыди на священные венцы державных глав; будучи свидетелем и орудием подвигов, буди также их воздаянием и украшением…
В День Святого Духа император Франции Наполеон Бонапарт обвинил Россию в нарушении Тильзитского мира и по сути объявил ей войну. А в ночь на 12 июня ведомая им общеевропейская армия переправилась через Неман и вторглась в пределы Отечества нашего. То была среда Пятидесятницы, когда читается из апостольских посланий: «Открывается гнев Божий с неба на всякое нечестие и неправду человеков, подавляющих истину неправдою…» (Рим. 1, 18).