За время своего девятидневного пребывания в холерной столице император Николай тщательно проверил состояние дел, приказал в ежедневном бюллетене не смягчать правды о болезни, сколь бы прискорбной она ни была, и полностью поддержал действия митрополита Филарета, о котором ему доносили подчас нечто весьма нелицеприятное. Так, в распоряжении начальника Третьего отделения Александра Христофоровича Бенкендорфа, сопровождавшего царя в поездке в Москву, имелся гнусный донос некоего чиновника М. Я. фон Фока: «В последние годы прошлого царствования мистики и сектаторы овладели совершенно всеми путями, ведущими к власти: одна группа мистическая, под начальством Филарета, называемого вообще русским иезуитом; другая так называемая православная, под начальством Фотия (Спасского). Мистическую покровительствовал князь А. Н. Голицын, а православную, под конец, граф А. А. Аракчеев, которая и одержала победу… Ныне, по случаю открытия заразы в России, мистики снова подняли головы. Мистики смущают легковерных предсказанием бед на Россию. Имя Филарета снова раздается между мистиками, и последняя речь его обнаруживает его планы. Речь сия такова, что изумила всех. Один военный генерал, прочитав эту речь, воскликнул: «Если б я был военным губернатором в Москве, то на свой ответ запер бы в монастырь этого якобинского пророка! Это совершенно манифест против государя, рекрутского набора, войны». Побывав в Москве, Николай I и Бенкендорф удостоверились, что доносчик фон Фок явно сгущал краски, и в годовом отчете Третьего отделения за 1830 год сказано гораздо мягче: «Партия мистиков усиленно старалась воздействовать на легковерных. Знаменитая речь митрополита Филарета по поводу появления холеры в Москве возмутила всех, а сектанты ей втайне радовались». Итак, царь смягчился в отношении московского митрополита. Хотя длительные коленопреклоненные молебствия на открытом воздухе все же строго воспретил, поскольку наступали холодные деньки, а холера особенно ловко хватает своими когтями людей простуженных.
В воскресенье 5 октября, в особый для Москвы день, когда празднуется память всех святителей московских — митрополитов Петра, Алексея, Ионы, Филиппа и патриарха Ермогена, в Успенском соборе Кремля митрополит Филарет и царь Николай после совершения литургии вместе молились об избавлении от губительной болезни. После этого Московский Златоуст произнес суровую проповедь:
— И в праздник теперь не время торжествовать, потому что исполняется над нами слово Господне:
Зная о том, что царю злословили, будто Филарет его имел в виду, когда две с половиной недели назад говорил о наказании за грехи царя Давида, владыка не преминул возразить злой сплетне:
— Много должно утешать и ободрять нас, братия, и то, что творит среди нас помазанник Божий, благочестивейший государь наш. Он не причиною нашего бедствия, как некогда был первою причиною бедствия Иерусалима и Израиля Давид… однако с Давидовым самопожертвованием приемлет он участие в нашем бедствии. Видит нашу опасность и не думает о своей безопасности…
Филарет знал, что скоро Николай отбудет, но в слове своем все повернул так, будто это он отпускал царя из Москвы или даже предлагал ему уехать, благословляя отъезд своим пастырским словом:
— Государь! Мы знаем, как близка к сердцу твоему твоя древняя столица, но Россия на раменах твоих; Европа предлежит заботливым очам твоим, Европа, зараженная гораздо более смертоносным поветрием безмерного и буйного мудрования; против сей язвы нужно тебе укрепить преграду; для сего потребно бдительное наблюдение происшествий, многие советы, дополнение рядов твоего воинства…
Во вторник по слову Филарета государь уехал из Москвы в Петербург. В следующее воскресенье отмечалась очередная годовщина освобождения Москвы от войск Наполеона. На крестный ход 12 октября владыка отдал распоряжения своему викарию Иннокентию (Сельнокринову): «Полагаю приходскому духовенству быть при своих местах и молебствовать о избавлении от болезни. Собирать все духовенство в ход и потому неудобно, что оно нужно повсюду для больных». Молебны на открытом воздухе, по слову царя, митрополит отменил. В слове своем, вновь произнесенном в Успенском соборе, он взывал к пастве: