А новым наместником Троице-Сергиевой лавры и настоятелем Спасо-Вифанского монастыря стал архимандрит Антоний (Медведев). Филарет познакомился с ним еще в 1824 году, когда молодой иеромонах Высокогорской пустыни Антоний возвращался из паломничества по святым местам Киева и заехал в Москву. Он запомнился Филарету ясным умом, образованностью и одновременно сдержанностью, и когда встал вопрос о новом наместнике, святитель думал о нем в числе других соискателей. Далее, по словам самого Филарета, произошло следующее: «Но в это время явился странник, который и назвал мне наместником Лавры отца Антония». Антонию было под сорок, до монашества он был врачом, а теперь уже служил в должности строителя, то бишь настоятеля Высокогорского монастыря в Нижегородской епархии неподалеку от Арзамаса, пользовался советами старца Серафима Саровского… Почему бы и нет? Наведя справки, Филарет выяснил, что на самом деле Антоний не Медведев, а незаконный сын знатного и богатого князя Егора Александровича Грузинского. 26 февраля 1831 года московский митрополит отправил письмо в Высокогорскую обитель с приглашением Антонию стать наместником в лавре. С этого письма между ними началась переписка, составляющая наиболее обширную часть эпистолярного наследия Московского Златоуста.
Антоний прибыл на московское Троицкое подворье под благословение 10 марта и в тот же день в домовой церкви был приведен к присяге на служение наместником Троице-Сергиевой лавры. Позднее он поделился с Филаретом одной тайной — он уже знал о своем скором назначении. Еще в январе того года отца Антония стало угнетать постоянное предчувствие смерти. С этим он отправился к Серафиму Саровскому, и старец предрек:
— Не так ты думаешь, радость моя, не так. Промысел Божий вверяет тебе обширную лавру. Милостиво принимай из Сарова братию, если кто придет в лавру или кого я пришлю. Не оставь сирот моих, когда дойдет до тебя время.
Вскоре Антоний был принят братией обители преподобного Сергия и посвящен в сан архимандрита Вифании. Через некоторое время он станет духовником Филарета, будучи на десять лет моложе своего духовного чада. Поначалу только Антоний во всем советовался с Филаретом, но со временем и Филарет все чаще стал искать советов и духовной поддержки Антония. Отныне и до конца своей жизни святитель исповедовался и причащался у наместника лавры.
Весной 1831 года Филарет захворал. До конца лета не звучали на Москве его несравненные проповеди. С наступлением теплых дней снова открылась холера. В Москве она уже не зверствовала, как в прошлом году, случаев не так много, зато пошла на запад и на север, свирепствовала и в Петербурге, и в Польше, где 14 мая Дибич снова разгромил повстанцев в крупном сражении при Остроленке, а через две недели сей доблестный фельдмаршал в возрасте сорока шести лет умер от холеры. На его место назначили Ивана Федоровича Паскевича.
В июне от холеры скончался в Витебске великий князь Константин Павлович. В Петербурге пустили слух о преднамеренных отравлениях, и доверчивые горожане устроили погром холерной больницы на Сенной, поубивали врачей. Император лично явился на Сенную площадь, предстал перед пятитысячной толпой со словами укоризны, затем встал с молитвою на колени перед церковью Спаса, и все вместе с ним пали на колени.
«Молитесь о петербургских, — писал Филарет Антонию 9 июля. — Холера там очень сильна. Однако в первых числах сего месяца, кажется, последовало облегчение. На нашем подворье больны Павел и Вениамин». О собственной хвори он писал немногословно, лишь извинялся ею за то, что не часто пишет письма и не может приехать в Троицу.
Наконец 22 августа Филарет смог выйти к московской пастве в Успенском соборе Кремля, чтобы произнести слово к годовщине коронации императора Николая. Он хвалил государя за то, что тот спас Отечество от мятежа декабристов, провел две победоносные войны против Персии и Турции, а теперь успешно воюет в Польше. Хвалил и за то, что не боится опасностей, не боится холеры, не боится укреплять государство твердой рукою. Хвалил за то, что царь уповает на Бога.
— До Бога высоко, говорит простонародный ум. Да, высоко, для тебя, который низко мыслишь. В самом же деле до Бога ни низко, ни высоко, ни близко, ни далеко; поелику Он вездесущ, и потому ближе к тебе, нежели твоя душа к твоему телу; только умей найти сию близость верою и молитвою.