После захвата ключевых позиций на Маршалловых островах в центре Тихого океана наступило небольшое затишье. Десантные соединения готовились к новым операциям. Поэтому 5 Флот временно переключился на поддержку наступления МакАртура в Новой Гвинее, так как морские силы на этом театре, известные как 7 Флот, были относительно слабыми. Вице-адмирал Т.К. Кинкейд вообще не имел авианосцев, а его главные силы состояли из австралийских тяжелых крейсеров «Аустралиа» и «Шропшир» под командой вице-адмирала В.Э.К. Кратчли и 3 американских крейсеров. В начале 1944 МакАртур решил опробовать новую стратегию «лягушачьих прыжков» в крупных масштабах. Поэтому он решил обойти японский бастион в Рабауле, где находился сильный японский гарнизон, нейтрализовав его постоянными воздушными налетами. Однако это решение поставило перед ним задачу найти еще одну гавань, которая могла послужить ему в качестве передовой базы морских сил. Выбор генерала пал на остров Манус в группе островов Адмиралтейства, британском протекторате. В последний день февраля солдаты МакАртура высадились на Манусе. Однако Японцы сопротивлялись очень упорно, и потребовался целый месяц, чтобы очистить остров от неприятеля. Затем американцы принялись за создание там морской базы, проявив свою обычную изобретательность и энергию. Когда в начале 1945 на Тихом океане появились значительные силы Королевского Флота, они полностью использовали богатые возможности этой новой базы. Пока шли бои на Манусе, МакАртур решил высадить 3 десанта в бухте Гумбольдта на северо-западе Новой Гвинеи, где японцы пытались создать морские и воздушные базы. Они еще надеялись перехватить инициативу и начать наступление на восток. Для поддержки этой операции 5 Флот отправился на юг в марте 1944. По пути авианосцы Спрюэнса атаковали Палау, надеясь захватить главные силы японского флота. Однако те уже спешно отошли еще дальше, в Сингапур. Главный интерес в налетах на острова Палау заключается в том, что это был единственный случай, когда американские авианосные самолеты поставили крупные минные заграждения во вражеском порту. Королевский Флот использовал авиационные мины гораздо шире своего союзника, который в качестве главного оружия самолетов использовал, в основном, бомбы и в меньшей степени — торпеды. Гавань Палау надолго была засорена минами, и японский флот, уже выбитый с Маршалловых и Каролинских островов, остался без передовой базы на этом театре, исключая незащищенные якорные стоянки на островах между Борнео и Филиппинами. Было ясно, что теперь Объединенный Флот не сможет оказать серьезной помощи в обороне этого архипелага, если будет действовать из Сингапура или китайских портов. С этого момента японский флот действовал в трудной для себя ситуации.
Однако вернемся в Новую Гвинею. Высадка десантов в районе бухты Гумбольдта была проведена 22 апреля 1944 в обстановке полной внезапности. В течение 4 дней были захвачены все намеченные пункты. МакАртур сразу решил совершить следующий прыжок — на острова Вакде и Биак у северо-западного побережья Новой Гвинеи. Эти десанты были высажены 17 и 27 мая соответственно. Однако японские гарнизоны сопротивлялись отчаянно, как всегда. Японское командование поняло, что захват этих островов пробивает брешь в кольце авиабаз, окружающих Филиппины, поэтому оно попыталось принять более энергичные ответные меры, чем в течение последних месяцев. В начале июня японцы совершили 2 попытки доставить по морю подкрепления на Биак. Однако в обоих случаях японские соединения поворачивали назад, как только появлялась опасность. Во втором случае крейсерско-миноносное соединение адмирала Кратчли долго гналось на север за японской эскадрой, но не сумело навязать ей бой. 21 июня солдаты МакАртура прочно обосновались на Биаке. К 1 августа силы командования Юго-Западной части Тихого океана захватили ряд островов в этом же районе, поэтому появились основания заявить, что кампания в Новой Гвинее завершилась. Следующей целью МакАртура стал остров Моротаи в группе островов Хальмахера, который лежал прямо на дороге к Филиппинам. Именно к ним было приковано все внимание генерала с того дня, как он был вынужден бежать оттуда в 1942 на торпедном катере.