В каждом из потоков сам Флоренский представал во всей полноте, оставался одновременно и учёным, и религиозным философом, и поэтом, но жизнь распадалась на три среды, на три круга общения, которые, пересекаясь в отдельных точках, всё же предлагали Флоренскому три варианта будущего. Этот период равнодействия науки, религии и творчества он назвал «расчисткой души». Не в том смысле, что в ней накопилось что-то дурное, пустое, а с осознанием, что предстояло расставить приоритеты, перераспределить силы и время так, чтобы главное главенствовало, а сопутствующее сопутствовало.
1904-й — год завершения университета. По тогдашним правилам для его окончания необязательно было выдерживать выпускные испытания. Достаточно за отведённые годы учёбы прослушать определённый курс наук. Но чтобы получить степень «кандидата», которая позволяла начать преподавание в университете, нужно было сдать итоговый экзамен и защитить кандидатскую работу. Это позволялось сделать через год или даже через несколько лет после завершения университета.
Для Флоренского с его нелюбовью к экзаменационным формальностям и обстоятельным, энциклопедическим подходом к написанию всякого исследования выдержать в один год два испытания было сверхусилием. Но Жуковский и Лахтин, видимо, желая поскорее заполучить на факультет талантливого молодого преподавателя, советовали не откладывать и держать все испытания в ближайшее время.
Флоренский работает на износ: пишет работу и одновременно готовится к экзамену. Чтобы обрести необходимую уединённость и сосредоточенность, пришлось уйти из студенческого общежития на съёмную квартиру. Родители тревожатся о здоровье сына, предлагают всё же отложить испытания, набраться сил и через год завершить начатое. Но Флоренский воспринимал студенческие годы как уже перевёрнутую страницу и медлить не желал, хотя сетовал на то, что к защите не успеет воплотить и десятой доли затеянного научного сочинения.
Работу под названием «Прерывность как элемент мировоззрения» он задумал ещё на первом курсе под влиянием идей Бугаева. В 1903 году того не стало, и поэтому научным руководителем Флоренского выступил последователь Бугаева Лахтин. В качестве кандидатского сочинения Флоренский планировал предложить первую книгу своей большой работы, названную «Об особенностях плоских кривых как местах нарушения их прерывности». Но и её он не успел завершить к назначенному сроку и в итоге ограничился только первой частью первой книги «Об особенностях кривых алгебраических». Но даже в таком усечённом виде кандидатская работа состояла из шести глав и представляла собой 409 рукописных страниц убористым почерком, что говорит о глобальности первоначального замысла.
Лахтин оценивает работу на «весьма удовлетворительно» — высшую в ту пору отметку. Он советует Флоренскому после защиты развить исследование и выпустить в виде книги, на что тот реагирует скептически, считая, что «и без того книжный рынок завален книгами, которые не читает никто, кроме автора, наборщиков и корректоров».
Вторая книга «Прерывность как элемент мировоззрения» так и осталась незавершённой. В ней предполагались одиннадцать глав: некоторые из них были написаны, к некоторым собраны материалы, что-то рассеялось по другим работам, что-то прозвучало в докладах, например, на Всероссийской ассоциации инженеров в 1921 и 1922 годах. Одну из ключевых глав второй книги, где речь шла об идеях немецкого математика Георга Кантора, в виде статьи «О символах бесконечности» в 1904 году напечатали в журнале «Новый путь».
Сохранилось общее введение к большому замыслу Флоренского, которое помогает понять логику и задачи исследования. Хоть Флоренский и характеризует его как «компиляционное по материалу» и «неоригинальное по идее», как «перепевы бугаевских тем», в завершённом виде эта работа имела бы революционное значение для науки ХХ века. В ней автор предлагал проанализировать предшествующее столетие на предмет того, как воцарилась в нём идея непрерывности, биологического, социального и философского эволюционизма. Исток этой идеи Флоренский видел в математике, а значит, именно она обязана была вывести науку из тупика непрерывности. На это и направлял все усилия Бугаев. Для подтверждения его теории Флоренский старается «систематизировать факты идеи прерывности в действительности», привлекает биологию, геологию, психологию, лингвистику. Утверждает, например, абсурдность поиска в природе переходного звена между живым и неживым. Иронизирует по поводу стремления лингвистов доказать происхождение «каждой гласной от каждой гласной и каждого согласного от каждого согласного».