Чичагов из Архангельска отправился с картами и «Экстрактом» в Петербург, куда прибыл 23 декабря. По поводу подмоченных в пути на боте продуктов Адмиралтейств–коллегия распорядилась доставить в Колу новые зимним путем, что и было исполнено Чаплиным к апрелю 1766 г. Адмиралтейств–коллегия в заседании от 16–18 января 1766 г. постановила направить Чичагова во вторичное плавание по изысканию северо–западного прохода в Восточный океан с оставлением в силе «Инструкции морским командующим офицерам, отправляющимся к поисканию пути на восток Северным океаном», составленной Ломоносовым (скончался 15 апреля 1765 г.) и указаний маршрута предполагаемого пути по карте Арктики 1765 г. Вместе с тем Адмиралтейств–коллегия указала Чичагову на необходимость и более самостоятельного решения вопроса о маршруте, о чем, правда, указывалось и в инструкции Ломоносова.
Адмиралтейств–коллегия напомнила Чичагову о том, что открытие северо–западного прохода имеет политическое значение и должно быть выполнено в интересах Российской империи:
19 мая 1766 г. все три экспедиционных судна вышли во второе плавание. Расскажем об этом плавании, руководствуясь сводным журналом, составленным Чичаговым по возвращении экспедиции на основании ежесуточных записей в корабельных журналах экспедиционных судов и представленным им Адмиралтейств–коллегии 31 января 1767 г. Полное название его таково:
К «Экстракту» Чичагов приложил «Шкиперские объявления», а также метеорологический журнал экспедиции под названием «Примечание по реомюровым термометрам». Этот журнал содержал записи
Вот текст первой записи в «Экстракте»: 19 мая.
Вскоре увидели о. Кильдин. Подняли на корабли шлюпки, прибавили парусов и при сильном западном ветре отправились в плавание. На этот раз его называли не отправлением «в повеленной путь», а плаванием к «желаемому предмету».