Первым средством смирения тела, разумеется, стал суровый и продолжительный пост. Подвиги Франциска в этом отношении порой были столь экстремальны, что вызывали удивление и глубокое почтение к нему даже среди подвижников. Власяницы, постоянные епитимьи, невзгоды, нищая жизнь, утомление от проповеднической деятельности (в день приходилось посещать по четыре-пять деревень), ночевки на голой земле и питание — самое плохое, какое можно было себе представить. Ведь даже нищие питались чем Бог послал, а рьяный аскет-неофит поначалу и милостыню подвергал тщательной проверке, отбирая самое худшее. Обращает на себя внимание его удивительная выносливость. Он не только долгое время выдерживал все эти красочно описываемые биографами лишения, но при том еще постоянно занимался каким-либо трудом, и «никто не смел пребывать в праздности при нем, ибо немедленно получал строгое внушение». Иммунитет Франциска тоже явно был очень силен, иначе бы при таком тесном контакте с прокаженными он точно не уберегся бы от инфекции. Можно сказать, он создал свой орден и развивал его первое время, будучи исключительно крепким и здоровым человеком. Но после какого-то момента мы видим совсем другого Франциска, буквально разваливающегося на наших глазах от многочисленных тяжелых хворей.
Конечно, легче всего прийти к выводу, что Франциск наконец-то «довел» себя и его организм не вынес сверхнагрузок. Но хронологически резкая утрата здоровья, похоже, совпадает со вторым серьезным духовным кризисом, когда, уже и так изрядно утомленный непонятной позицией Иннокентия III, он столкнулся с непониманием внутри собственного ордена. Вообще, конец 1210-х годов ознаменован для него чередой горьких разочарований. Пройдя столько препятствий, он попадает, наконец, в вожделенную Святую землю, но не может решить ни одной из поставленных перед собой задач. Султан не пожелал перейти в христианство, крестоносцы не захотели слушать предостережений, даже пострадать за веру не удалось. После общения с султаном и крестоносцами Франциск совершенно не торопится возвращаться домой, но при этом не стремится продолжать проповедовать на Востоке, а просто общается с братьями. Налицо апатия и безразличие, очень для него нехарактерные. На родину Франциска вынуждает вернуться форс-мажорная ситуация в ордене, которая портит настроение еще больше. После череды этих событий наш герой вдруг становится практически инвалидом. В последние годы он даже не в состоянии ходить, хотя ему всего лишь около сорока лет. При этом, как ни странно, душевное состояние его гораздо бодрее, чем во времена похода на Восток. Он активно продолжает деятельность проповедника, передвигаясь на осле. Ласково наставляет братьев и поет гимны. Ему удается победить второй тяжелейший духовный кризис. Об этой яростной борьбе, закончившейся обретением стигматов, стоит поговорить отдельно. А пока попытаемся реконструировать «медицинскую карту» нашего героя последних лет его жизни.
Главной проблемой здоровья Франциска источники называют загадочный неизлечимый недуг, поразивший его глаза. «Глаза, черные, нежные глаза, которые говорили о Боге, окаймились кровью из-за неизлечимой восточной болезни». Современники объясняли непонятную хворь постоянными слезами о страданиях Спасителя. Вряд ли такая версия состоятельна. Скорее всего, заболевание глаз имело инфекционную природу. Оно могло возникнуть на жарком Востоке из-за несоблюдения правил гигиены. Но Франциск постоянно странствовал и раньше, а Италия — тоже страна с весьма знойным климатом. Рискнем высказать предположение, что причиной недуга была лепра, носителем которой он являлся со времен своего тесного общения с прокаженными. Микобактерии, являющиеся возбудителем этой страшной болезни, много лет дремали в его крови, охраняемой сильным иммунитетом. Когда же произошел тяжелый личностный кризис, защитные силы организма ослабли — и Франциск получил язвенное поражение роговичной оболочки глаз, которое вполне может иметь микобактериальную природу. Может быть, проживи он подольше, у него обнаружились бы и явные признаки проказы. А так он только постепенно терял зрение, пока не ослеп вовсе.
Лечили его соответственно взглядам медицины XIII века, когда господствовала античная теория римского врача Галена о циркуляции и гармоническом сочетании в организме четырех жидкостей — крови, слизи, желтой и черной желчи. Физическое воздействие на определенные точки тела должно было изменять нарушенную циркуляцию жидкостей, проявляющуюся в виде того или иного заболевания. Искусство врача в средневековой Европе также заключалось в создании и воспроизведении сложных лекарственных средств. Причем этот процесс сильно отличался от современной фармакологии, поскольку многие ингредиенты добавлялись в лекарства из философских, а вовсе не медицинских соображений. Средневековый фармацевт обязательно имел понятие об алхимии.