Во французских ВВС первыми начали получать MS.406C1 ещё в 1938 г. группы GC I/7 и I/6. К сентябрю 1939 г. в строю было 12 групп, вооруженных такими машинами (573 самолета), но к тому времени MS.406C1 во многих отношениях уже не отвечал требованиям времени. Своему главному противнику — Bf 109E — он уступал в скорости и скороподъемности. Слишком малым считался боекомплект пушки, а установленные на большинстве самолетов винты изменяемого шага «Шовьер» были несовершенными. Во время «Странной войны» в боях было потеряно 14 MS.406C1.
К началу германского блицкрига на Западе истребительная авиация Франции находилась в стадии перевооружения более совершенными истребителями D.520 и MB.152, но MS.406C1 оставался весьма распространенным типом — в метрополии на них летало 14 групп, 4 — в Северной Африке, одна — в Ливане. Заказанные Китаем 12 самолетов MS.406 в мае 1940 г. были конфискованы губернатором Индокитая и поступили на вооружение двух колониальных эскадрилий. Также были конфискованы и переданы ВВС Франции 13 самолетов MS.406L, построенных для Литвы. 160 самолетов, заказанных Польшей, также не успели попасть по назначению — на них во время кампании во Франции воевали польские пилоты, сумевшие эвакуироваться на Запад.
В боях мая-июня 1940 г. в полной мере вскрылись недостатки MS.406C1 как истребителя. Попытки же использовать самолет в качестве штурмовика привели к значительным потерям из-за уязвимости двигателя жидкостного охлаждения. В общей сложности в мае-июне 1940 г. «мораны» французских ВВС одержали 189 подтвержденных и 91 предположительную победу. Лучший показатель был у группы GC III/1, записавшей на свой счет 30 подтвержденных и 4 предположительные победы. Собственные потери составили примерно 450 MS.406C1, из них 150 сбито в воздушных боях, остальные уничтожены на земле либо брошены при отступлении.
«Моран» ВВС Финляндии
В составе ВВС Виши MS.406C1 были достаточно быстро сняты с эксплуатации. Они остались лишь на заморских территориях: в Ливане (группа GC I/7), Индокитае, а также на Мадагаскаре, куда в январе 1941 г. прибыла эскадрилья EC 2/565. Самолеты, находящиеся в Индокитае, в январе 1941 г. приняли участие в конфликте с Сиамом, сбив 4 вражеских самолета и потеряв три своих. Уцелевшие MS.406C1 в этом регионе были списаны по износу в 1944 г. На Мадагаскаре самолеты EC 2/565 в мае 1941 г. пытались противостоять британскому десанту, сумев сбить один самолет ценой потери 4 своих. Группа GC I/7 в мае-июне 1941 г. участвовала в отражении британских налетов на французские аэродромы в Ливане, сбив 2 самолета и одержав ещё две неподтвержденные победы. Около дюжины MS.406C1 были захвачены англичанами. Эта техника послужила основой для формирования в сентябре 1941 г. группы «Эльзас» ВВС Свободной Франции.
Довольно активно использовались «мораны» в ВВС Финляндии. В декабре 1939 г. этой стране было передано 30 MS.406C1. Уже в январе 1940 г. машины прибыли к месту назначения, где ими вооружили группу Llv 28. В боевых действиях она участвовала с 4 февраля, одержав до конца «зимней войны» 16 подтвержденных и 4 неподтвержденные победы. Собственные потери составили один сбитый и 10 поврежденных в боях «моранов», ещё 4 самолета были разбиты в процессе освоения личным составом.
В 1941 г. Финляндия получила 27 трофейных «моранов» из Германии (в т. ч. 11 MS.41 °C1), а в 1942 г. было приобретено 30 MS.406C1 у режима Виши. Таким образом, общее количество поставленных в Финляндию «моранов» достигло 87. Помимо Llv 28 такие самолеты поступили в разведывательную группу Llv 14. «Мораны» сражались в Южной Карелии, а затем Llv 28 перевели на Крайний Север — там вооруженные пушками самолеты использовались в качестве штурмовиков с целью блокирования Кировской железной дороги. В послевоенный период модернизированные «Мёрко Мораани» служили до 1952 г.
30 самолетов MS.406C1 в начале 19401 г. получила Турция. Эти самолеты прослужили без особых событий до 1943 г., когда были заменены FW 190A.
Болгария в 1942 г. купила у режима Виши 20 MS.406C1. 48 MS.406C1 Германия передала Хорватии, где они использовались для противопартизанских операций. 25 машин получила Италия, но, ввиду плохого технического состояния, так и не смогла ввести их в строй.
В Швейцарии D-3800/3801 после поступления более современных истребителей были переведены на роль штурмовиков, получив направляющие для 6 80-мм НАР. Они эксплуатировались в строевых частях до 1954 г., а до 1959 г. служили как учебные.
MS.406C1 оказался истребителем, посредственным во всех отношениях, тем не менее, он строился в значительном количестве. Его прочная конструкция позволяла установить гораздо более мощный двигатель, что показал опыт швейцарцев, сумевших создать самолет D-3802, но во Франции «Моран» так и не получил такую силовую установку. Если у Bf 109 с 1936 г. по 1939 г. мощность двигателя выросла практически в 1,5 раза, то на MS.406C1 в 1939 г. оставался мотор той же мощности, с каким в 1935 г. летал его прототип.