Между тем Фридрих организовывал управление империей на время своего пребывания на Востоке, составляя документ, ставший чем-то вроде его завещания. В политическом плане Генриху VI, королю римлян, королю Германии и королю Италии, которому вскоре должна была быть пожалована императорская корона, выпала задача управления всеми императорскими территориями. Его старший брат Фридрих, герцог Швабский, с тех пор, как умер двоюродный брат Барбароссы, сын Конрада III, должен был участвовать в крестовом походе. Что касается личных владений семьи Штауфенов, находящихся, в основном, в Швабии (наследные земли и выкупленные владения Вельфа VI) и Эльзасе, а также во Франконии, Западной Баварии, Лотарингии и даже (по крайней мере с 1180 года) в Тюрингии, Саксонии и Лужицкой земле, то они были разделены между четырьмя старшими сыновьями, а пятый, Филипп, предназначенный для служения церкви, получил пост судьи при соборном капитуле в Ахене. Генрих VI получит самую большую долю, в частности, в Эльзасе, Лотарингии, Швабии, Тюрингии, Саксонии и Лужицкой земле, кроме того, он получит все области, непосредственно подчиняющиеся императору. Фридрих Швабский получит в своем герцогстве все графские владения, а также графство Пфуллендорф; после смерти Вельфа VI ему достанутся наследные земли, которые Вельф продал Штауфену. Третьему сыну, Оттону, достанутся владения, принадлежавшие Беатрис, то есть графство Бургундское, тогда как у четвертого сына, Конрада, будет графство Ротенбург, а кроме того большие владения во Франконии, отписанные его невесте Беренгарии Кастильской, дочери короля Альфонса VIII.
Уладив эти вопросы летом 1188 года, Фридрих посвятил себя подготовке к походу, оставив Генриху VI управление делами, что объясняет, почему переговоры со святым престолом и заключение Страсбургского договора были осуществлены именно им.
Несмотря на трудности, возникшие в результате его решения, он избрал сухопутный маршрут в Сирию. С одной стороны, у него в самом деле не было ни собственного флота, ни средств для получения очень дорогостоящей помощи Генуи, о которой уже попросили Франция и Англия. С другой стороны, он опасался, что к тому времени, когда он прибудет в святую землю, ее порты могут оказаться в руках Саладина. Зато, имея за плечами опыт 1147–1148 годов, он надеялся, что сможет избежать западни на суше.
В дипломатическом плане он позаботился о том, чтобы завязать отношения с суверенами тех стран, которые ему предстояло пересечь. Он направил очень любезные послания королю Венгрии, великому жупану Сербии, византийскому императору Исааку Ангелу и султану мусульманского княжества Конья (Икониум), который до сих пор сопротивлялся действиям Саладина. В военном отношении он принял решительные меры к тому, чтобы в армии была строгая дисциплина, во избежание тех беспорядков, которые имели место во время второго крестового похода. Он потребовал, чтобы крест приняли только те, кто сможет самостоятельно купить себе военное снаряжение и сам себя обеспечить материально на два года. Тем самым он воспрепятствовал участию в походе пехотинцев и выходцев из народа; поход должен был быть по его разумению исключительно рыцарским предприятием, и большинство его участников должно было принадлежать к высшей и средней знати. Что же до торговцев, которые последуют за войском, то они будут под строгим наблюдением.