И случилось так, что от солнечного зноя, «при котором могла бы расплавиться руда», разразилась эпидемическая лихорадка, смертельная для непривычных к такой жаре жителей северных стран. Многие тысячи воинов под предводительством герцога Лимбургского взошли на суда, пытаясь избежать опасной болезни. 8 сентября 1227 года императорская галера подняла якорь и покинула Бриндизи с императором и его родственником, ландграфом Людвигом IV Тюрингским, супругом святой Елизаветы, на борту. Ландграф уже был болен. Так они прибыли в Оранто, где ландграф скончался. В ужасе от его кончины, Фридрих II покинул флот, отправившийся далее под командованием патриарха Иерусалимского, Герольда Лозаннского, в Акру.
Фридрих, тоже охваченный лихорадкой, по совету магистра Тевтонского ордена Германа фон Зальца и врачей отправился на лечение в курортное место Поццуоли.
Папа Григорий IX не колебался. Императорских посланников, прибывших доложить о болезни императора, не допустили к нему. Двенадцать лет подряд Фридрих обманывал курию, изобретая все новые отговорки. Фридрих исчерпал кредит доверия, и папа больше не верил ему. 29 сентября папа Григорий наложил анафему на вероломного императора-крестоносца, на этот раз, возможно, и не виноватого.
Отлучение от церкви последовало 10 октября в Аньяни на основании большой энциклики:
«…Апостольский престол, дабы уничтожить извергов, которых выращивает на своей груди, думая выкормить сыновей, и разгромить вражескую власть, дабы усмирить ярость бури, вырастил питомца, а именно императора Фридриха… Когда он приехал в Германию, намереваясь взять в свои руки бразды правления империей, ему сопутствовали некоторые, как верилось, обнадеживающие предзнаменования, но в действительности они оказались обманными знаками. По собственному решению, без напутствия и ведома апостольского престола он взвалил крест себе на плечи и торжественно похвалялся отправиться на спасение Святой земли…»
Здесь прорвалась злость, пережитая папой Григорием, племянником великого Иннокентия III, когда Фридрих без повеления и одобрения святого престола принял крест в Аахене и таким образом сделал папский крестовый поход императорским.
«Следует добавить, он и другие крестоносцы должны были быть отлучены от церкви, если они не отправятся в определенный срок. Но император все время испрашивал отсрочку и получал ее…
Когда же после его частых требований многие тысячи крестоносцев под страхом отлучения от церкви в установленный срок поспешили в портовый город Бриндизи, поскольку все другие порты император использовал для собственной выгоды, он не сдержал обещаний, письменно данных апостольскому престолу и крестоносцам относительно переезда, снаряжения и содержания… Христианское воинство так долго удерживалось в жаре летнего зноя в убийственной местности и в отравленном заразой воздухе, что не только большая часть народа, но и немалое количество дворян и предводителей умерло от лихорадки, острой жажды и других ужасных причин. Среди них и благородный ландграф Людвиг Тюрингский, и блаженной памяти епископ Аугсбургский».
Теперь, когда Фридриху понадобилось доверие святого отца, оно оказалось исчерпанным. Папа сделал императора ответственным за все: за адское пекло месяца августа, за выбор города Бриндизи да и за эпидемию тоже! Фридрих обвинялся в смерти паломников, ландграфа и епископа Аугсбургского. Объяснения императора, что он и сам заболел, не принимались.
В послании христианским королям и князьям всего мира император защищается. Он разбередил в себе старые раны, раз напоминает князьям о том, что его мать, императрица Констанция, оставила его под опекой церкви, дабы сохранить наследное государство. «Но, — восклицает он, — Наше наследное государство было открыто для всех завоевателей, и, подобно кораблю без руля в бурю, наследство опекуемого разбилось без руки рулевого…»
Он жалуется на апостольский престол, помогавший в ущерб его правам получить империю Оттону IV, в конце концов противопоставившему себя церкви и готовому вторгнуться в наследное государство Фридриха. И тут он высказывает мысль, которую постоянно будет повторять, о том, что стал императором по Божьему произволу: «Поскольку не нашли никого другого, захотевшего бы принять императорский сан вопреки Нам и Нашим правам… князья призвали Нас, по их выбору Нам и была передана корона империи… Ибо всемогущий Бог знает, когда Мы вопреки человеческому разумению и без чьей-либо помощи прибыли в Германию, это навлекло на Нашу особу много опасностей».
Здесь Фридрих, кажется, потерял память. Верно, папа не смог защитить его наследное государство, и королевство стало игрушкой многих сил. Действительно, церковь пренебрегла правами Штауфенов и благоволила Вельфу Оттону Брауншвейгскому.