Полнейшей неожиданностью для руководителей Восточного фронта было то, что Фрунзе, никогда ничем не командовавший и никакими операциями не руководивший, никакой военной школы не прошедший… оказался не только крупнейшим военным организатором и администратором, но и превосходным командиром… Не удивительно поэтому, что при начавшемся в конце апреля 1919 года контрнаступлении против Колчака товарищ Фрунзе был назначен командующим группой, на которую легла основная стратегическая задача всей операции — разбить и обойти левый фланг Колчака и не дать ему возможность вывести этот фланг из-под наших ударов…
В начале 1919 года тяжелая обстановка сложилась в полосе действий Туркестанской армии, которой командовал Георгий Васильевич Зиновьев. Старший унтер-офицер периода Первой мировой войны, к тому же военный летчик, он был храбрым человеком, но слабо разбирался в военном деле. К тому же Зиновьев не обладал ни партийной биографией, ни даром руководителя. Встал вопрос о назначении более опытного руководителя. В Москве было решено силы южного крыла Восточного фронта объединить в особую группу, назначив ее командующим М.В. Фрунзе.
Итак, 5 марта 1919 года 4-я и Туркестанская армии, объединенные в Южную группу «малого состава» (в отличие от образованной в апреле другой Южной группы) под командованием М.В. Фрунзе, в марте еще сами вели активные наступательные действия. Однако в начале апреля в связи с событиями на фронтах других армий войска Южной группы вынуждены были отойти, а затем оставить Актюбинск и Лбищенск. Основной задачей группы стала оборона Оренбурга и Уральска, а также борьба с восстаниями, вспыхнувшими в тылу советских войск. Долгие годы о таких фактах предпочитали умалчивать. Но в книге Ф. Огород- никова «Удар по Колчаку», изданной в 1938 году, говорится: «Извращения местными органами политики партии по отношению к середняку усиливали недовольство середняка. Политработа все еще страдала серьезными недочетами, объясняемыми прежде всего неподготовленностью политработников. Наличие сильной кулацкой прослойки в Заволжье и контрреволюционная пропаганда меньшевиков и эсеров способствовали развитию кулацких ("чапанных") восстаний, задевавших и тыл Восточного фронта.
Эти восстания охватили некоторые уезды Симбирской и Самарской губерний. Были попытки восстания в районе Бузулука. В бывшей Уфимской губернии восстания поднимались кулацкими и буржуазно-националистическими контрреволюционными элементами в среде татарского и башкирского населения. Сравнительно крупные и наиболее опасные "чапанные" восстания произошли в начале марта 1919 года в ряде сел Сенгелеевского и Сызранского уездов Симбирской (Ульяновской) губернии и Самарского и Ставропольского уездов Самарской губернии.
Особенно большую работу по ликвидации крестьянских восстаний провел М.В. Фрунзе. Он принял самые решительные меры, для чего к Сызрани были посланы военно-полевой штаб и отряд в 1200 человек, а также другие части. Кроме того, была прислана помощь из Пензы и Кузнецка. Общее руководство этими силами было возложено на комиссара штаба 4-й армии и его помощника. Несмотря на широкое распространение восстания, оно так же быстро прекратилось, как и началось». В 20-х числах марта 1919 года восстание было подавлено.
В середине апреля 1919 года Южная группа войск была усилена. Помимо 4-й и Туркестанской армий в оперативном отношении М.В. Фрунзе были подчинены 1-я, 5-я армии Восточного фронта, а также укрепленный участок реки Волги от Саратова до Сызрани.
Михаил Васильевич, получив в свое командование большие силы и средства, начал подготовку контрнаступления на Колчака. Разрабатывались планы предстоящих операций, переформировывались войска, усиливались артиллерией и пулеметами.
Одновременно были приняты жесткие меры по укреплению воинской дисциплины. Помимо разъяснительной, воспитательной и агитационной работы предпринимались меры и другого характера. Так, 28 апреля 1919 года приказом по войскам Южной группы были организованы заградительные отряды для восстановления порядка на железной дороге и борьбы с дезертирством на станциях участка Кинель — Сызранский мост включительно.