С приходом А.А. Самойло под предлогом противодействия решениям штаба фронта была предпринята очередная попытка отстранить М.В. Фрунзе от командования войсками. В советской исторической литературе этот случай не нашел достаточного описания, но об этом пишет в своем труде преподаватель Военной академии имени М.В. Фрунзе полковник Е.А. Болтин в 1946 году. Он, в частности, отмечает: «Замысел М.В. Фрунзе на наступление отнюдь не соответствовал намерениям штаба фронта. В самый разгар операции, когда победа уже склонялась на сторону Красной армии, враги народа во главе с Троцким пытались отстранить Фрунзе от командования. 5 мая главком шифровкой информировал командующего фронтом об этом намерении и сообщил, что преемником Фрунзе намечен Ольдероге — человек, как оказалось впоследствии, совершенно неспособный справиться с командованием».
И снова за Михаила Васильевича заступились некоторые члены ЦК и лично В.И. Ленин. Л.Д. Троцкому в достаточно категорической форме было указано, что назначение М.В. Фрунзе санкционировалось прежде всего партией, а затем уже вступали в силу соображения чисто военно-операивного характера. Окрыленный этой поддержкой Михаил Васильевич, практически без санкций штаба фронта, дал своим войскам добро на проведение следующей Белебейской наступательной операции.
Белебейская наступательная операция проходила в период с 15 по 19 мая 1919 года с целью разгрома основных сил Западной армии. С этой целью 5-й армии М.Н. Тухачевского командующим фронтом было приказано развернуться фронтом на север для удара во фланг Сибирской армии генерала Р. Гайды.
М.В. Фрунзе пытался опротестовать это решение, но смог добиться возвращения из 5-й армии только одной 25-й стрелковой дивизии В.И. Чапаева. Всего в его распоряжении имелось около 23 тысячи штыков и сабель, 119 орудий и 560 пулеметов.
Противостоявшая советским войскам Волжская группа генерала В.О. Каппеля насчитывала в своем составе 17 тысяч человек личного состава и имела 46 орудий и 172 пулемета. Таким образом, советские войска превосходили противника по живой силе в 1,4 раза, по артиллерии — в 2,6 раза, по пулеметам — почти в 3,3 раза. Ни о какой полевой обороне речи не было. Силы обеих сторон пытались решить задачи путем наступления, действовали отрядами, преимущественно на отдельных, порой разрозненных друг от друга направлениях. В таких условиях перевес в силах и средствах имел решающее значение.
Советские войска начали наступление 15 мая атаками с фронта и несколько потеснили противника. Их отдельные соединения вышли на фланги вражеских войск. Генерал Каппель, опасаясь быть отрезанным от Уфы и оказаться в окружении, отдал приказ начать отход.
М.В. Фрунзе решил максимально использовать сложившуюся ситуацию. 17 мая особая казачья бригада И.Д. Каширина ворвалась в Белебей и в тот же день овладела этим городом. В результате этого создались условия для дальнейшего преследования противника. Однако положение в тылу Южной группы войск продолжало ухудшаться. Это вынудило командующего фронтом отдать приказ о прекращении наступления.
Белебейская операция проходила на фоне острой политической интриги, которую организовывал Л.Д. Троцкий, который в то время считал Восточный фронт второстепенным. Он предлагал все силы бросить на юг и на запад с тем, чтобы поднять революцию среди народов стран Западной Европы. Троцкий упорно не верил в победу революции в одной стране и стремился раздуть революционное пламя по всему миру.
Командующий Восточным фронтом А.А. Самойло был горячим сторонником идей Л.Д. Троцкого, но не обладал должными оперативными качествами. На политическую арену в Советской России постепенно выходили новые силы. На Восточном фронте, в частности, против Самойло «играл» член РВС фронта С.И. Гусев. В итоге Л.Д. Троцкий вынужден был уступить. А.А. Самойло был отстранен от командования Восточным фронтом. На эту должность вновь был назначен С.С. Каменев, который 8 мая прибыл в Симбирск. Но и новый командующий фронтом также не был сторонником планов М.В. Фрунзе. Михаилу Васильевичу даже пришлось оставить свои войска и выехать в Симбирск для дачи объяснений.
Белые тоже не теряли времени зря. 10 мая для противодействия советским войскам была образована средняя группа Западной армии под командой генерала Каппеля. В состав этой группы входили 1-я стрелковая Самарская дивизия, 3-й стрелковая Симбирская дивизия, 13-я стрелковая Казанская дивизия, отдельная кавалерийская Волжская бригада и 42-я отдельная линейная батарея. Всего около 11 тысяч штыков, 560 сабель, 172 пулемета и 46 артиллерийских орудий. Сила, казалась бы, достаточно внушительная. Но моральный дух этих войск был очень низок. Уже 10 мая контрразведывательное отделение Западной армии генерала Ханжина сообщало, по вопросу о наступлении Волжского корпуса, что «за последнее время участились случаи продажи казенного английского обмундирования», а с другой стороны — что «принятие в части бывших красноармейцев вызывает недовольство и боязнь предательства».