В то же время боеспособность основной массы колчаковских войск быстро падала. 30 апреля командир 6-го Уральского корпуса генерал Сукин телеграфировал в командующему Западной армией: «Потери полков граничат с полным уничтожением. В 44-м и 43-м полках 11-й дивизии осталось не более 10 офицеров и по 250 штыков, в 41-м полку — 7 офицеров и 300 штыков. Егерский батальон шесть раз ходил в атаку и фактически прекратил существование… Все влитые в последнее время пополнения передались красным и даже участвовали в бою против нас… Дивизию нужно создавать заново, для чего вывести ее в тыл и дать пополнения».
В связи с подобным положением в 121-й Уральской дивизии генерал Сукин доносил, что вопреки его докладам ему было приказано отстаивать каждую пядь земли, и если нужно — «умереть». Но подчиненные войска умирать не хотели.
1 мая расположенный в селе Кузьминовском Особый украинский курень имени Т. Шевченко поднял восстание, перебил офицеров и увлек за собой подразделения двух пехотных полков. Остатки этих полков едва удалось собрать. Восставшие захватили все пулеметы 41-го полка, три артиллерийских орудия и часть обоза. Данное восстание совпало с наступлением советских войск, которому, естественно, не было оказано практически никакого сопротивления.
27 апреля прибыл новый начальник штаба Восточного фронта П.П. Лебедев. Он привез с собой готовый план главкома, составленный еще 23 апреля, и заявил о своей готовности проводить его в жизнь. Потребовалось некоторое время для того, чтобы убедиться, что изменившиеся условия обстановки требуют внесения существенных изменений в этот план.
Бои за Бугульму были напряженные и не совсем удачные для войск Южной группы. Много нареканий было в адрес командующего 5-й армией М.Н. Тухачевского, попытки которого <окестко управлять своими дивизиями постановкой им задач на каждый день была обречена на неудачу». Тем не менее 13 мая войска 5-й армии ворвались в Бугульму, успешно завершив Бу- гурусланскую наступательную операцию Южной группы войск Восточного фронта.
В результате проведения Бугурусланской операции войска противника понесли значительные потери и были отброшены Красной армией на восток на 120–150 километров. Инициатива на самаро-уфимском направлении перешла в руки советского командования. Были созданы благоприятные условия для дальнейшего развития наступления войсками Южной группы Восточного фронта.
Позже советские историки напишут, что замысел и оперативный план Бугурусланской операции, разработанной М.В. Фрунзе, блестяще оправдались и что эта операция принесла богатые плоды. При этом они все же признают, что победа еще не была полной. Враг был разбит, но не уничтожен. Несколько восточнее в районе Белебея накапливались свежие резервы белых. Для того чтобы закрепить успех и добиться окончательной победы, надо было, не давая врагу опомниться, продолжать наступление. Теперь центр тяжести борьбы переносился на разгром оперативного резерва белых — корпуса генерала Каппеля.
В ходе Бугурусланской операции вместо С.С. Каменева командующим Восточным фронтом был назначен А.А. Самойло (бывший командующий 6-й армией, действовавшей на севере). Он, как и его предшественник, был офицером императорской армии, который в 1898 году закончил Николаевскую академию Генерального штаба, участвовал в Первой мировой войне, дослужился до генерал-майора. После октябрьского переворота большевики привлекли его для работы в комиссии по заключению Брестского мира, затем — к командованию войсками. Особого полководческого опыта и заслуг у бывшего генерала не было, авторитетом среди революционных войск он не пользовался, но личные амбиции были высокие.
В командование Восточным фронтом А.А. Самойло вступил, имея собственные взгляды на дальнейший характер военных действий. Планы нового командующего Восточным фронтом существенно отличались от планов бывшего командующего С.С. Каменева. А.А. Самойло и главком И.И. Вацетис недооценивали значение наступления на белебейско-уфимском направлении.
Реализуя свои замыслы, новый командующий фронтом начал через головы командармов вмешиваться в дела отдельных дивизий, отдавая им частные приказания. В результате этого часто возникала путаница: одни приказы перечили другим, постоянно нарушалось управление войсками, нельзя было организовать взаимодействие между отдельными соединениями и частями.