К нему стекаются вся европейская морская литература и сведения об иностранных флотах; полученное он постоянно переводит и анализирует, собирая также информацию о состоянии флотов через посольства и своих агентов. Не забывал Конон Никитич и о практической работе. Так, он предложил принципиально новый способ крепления такелажа. В январе 1725 года не стало Петра. Старые недруги не простили Зотову былых ущемлений. Исподволь начали они очередную травлю. При первой же возможности Конон Никитич возвращается на действующий флот. В январе 1726 года он становится капитаном линейного корабля «Пантелеймон-Виктория» и весной выводит его в плавание по Финскому заливу. Но радость капитана 1-го ранга была недолгой. Едва он покинул свой пост контролера, как воры, почувствовав отсутствие бдительного стража законности, резво взялись за дело. Когда же генерал-адмирал Федор Апраксин решил произвести ревизию, результаты оказались самые плачевные.
— Немедля возвернуть Зотова в прежнюю должность! — распорядился он. — Иначе крысы наши конторские, почитай, все растащат!
С грустью покидал палубу своего последнего корабля Конон.
— Ноет сердце мое, — говорил он друзьям, — что не ступать мне на корабли более уже никогда!
Снова погрузился он в нескончаемую бумажную войну, снова стал писать записки изобличающие. Снова пошли доносы и угрозы. Все вернулось на круги своя! Но Зотов не терял надежды встать в боевой строй. «Если уметь да не учить, — пишет он в одном из писем Апраксину, — то есть великая вина… а если не уметь, для чего умеющих ненавидеть и похваляться уморить при конторе и во флот не пускают!» Но генерал-адмирал упорствует.
— Каждому свое место предрасположено! — бранит он настырного контролера. — А я для того и поставлен, чтобы думать за всех!
Работая ночами, пишет Зотов новые книги. В 1728 году создает он «Регламент адмиралтейского нижнего суда» — свод законов повседневной деятельности Адмиралтейств-коллегий. В 1729 году Зотов уезжает на время в Москву, где занимается приведением в порядок центральных учреждений коллегии, одновременно составляя многие законоположения по их деятельности. По возвращении в Санкт-Петербург переводит с голландского «Светильник морской» — морскую лоцию от Ревеля до Англии и Белого моря, пишет первый в России учебник морской тактики — «Книгу о погоне за неприятелем».
А Россия уже переживала темное время царствования Анны Иоанновны. Шла беспрестанная борьба за власть: армию прибрал к рукам фельдмаршал Миних, флот оставил за собой вице-канцлер Остерман. Что за беда, коль в делах морских Остерман был полнейший неуч и на палубу боевого корабля ни разу не ступал. Под крылом Остермана начало расти влияние наиболее реакционной части высшего флотского командования, составившей так называемую «английскую партию». «Англичане» требовали пересмотра основных положений Петра I по флоту, отмены Морского устава, созданного Зотовым, и принятия английского. Во главе новоявленных реформаторов стояли вице-адмирал Головин, адмиралы Сиверс и Гордон. Однако «англичане» в своих планах скорого переустройства петровского флота просчитались. В противодействие им стихийно возникла «русская партия» во главе с Соймоновым, Зотовым, Берингом. Неофициальное руководство партией взял на себя Наум Сенявин. «Русские» отстаивали самостоятельный путь развития отечественного флота, следование заветам Петра. Причем если «английскую партию» составляли в большинстве своем старые адмиралы, то «русскую» — прежде всего молодые капитаны кораблей и рядовые офицеры.
Несмотря на все старания и интриги Остермана, «русская партия» во главе с боевыми адмиралами и капитанами была чрезвычайно популярна на флоте. Особую же опасность для «англичан» представлял Зотов, знающий как свои пять пальцев всю тайную кухню Адмиралтейств-коллегий. Один из историков следующим образом описал значение Зотова: «Среди русских было, однако, одно лицо, имевшее… все данные, чтобы выступить в прениях могучим противником реформаторов, — лицо, давшее некогда повод Петру Великому провозглашать здравицы… за успехи его в науках… получившее почетную известность: как вполне образованного моряка, боевого офицера, соучастника Сенявина в первой морской победе русских, тщательного служаки, знатока морской тактики и организации иностранных флотов, сотрудника Петра по составлению Морского регламента и устава… смелого и речистого человека, не затруднявшегося входить со своими представлениями к Петру, иногда резко несогласными со взглядами государя. Среди “русской партии” был капитан Конон Никитич Зотов…»