На самом деле власть и процветание Тевтонского ордена подошли к концу. Ослабленный внутренним расколом, который в 1413 г. окончился низложением Генриха фон Плауэна, в следующие 50 лет орден вел войну с Польшей и Литвой, а также с прусскими аристократами и прусскими городами. Эти конфликты опустошали страну, подрывали финансы и торговлю тевтонцев. В попытке восстановить свой авторитет орден, с одобрения императора Сигизмунда, объявил крестовый поход против гуситов. Действия ордена вызвали опустошительную контратаку, в результате которой гуситы в 1433 г. дошли до окрестностей Данцига. К середине века борьба стала отчаянной. В 1440 г. около 40 прусских аристократов и 20 городов, в том числе Торн и Эльбинг, настроенные решительнее прочих, образовали союз в защиту своих прав. Союз подал жалобу императору Фридриху III, из которой ясны причины недовольства городов, особенно Данцига. Тевтонский орден нарушал его привилегии, чинил произвол, запрещая импорт и экспорт товаров и предоставляя особые льготы иностранным купцам. Служащие Тевтонского ордена нарушали преимущественное право покупки, осуществляя тиранический контроль над кораблями в устье Вислы. Главное же, они повысили пошлину с веса, не предоставив подобного права городам. Поскольку император не вмешивался, в 1454 г. союз объявил великому магистру войну, свергнул его и предложил союз королю Польши Казимиру IV, который принял предложение и вступил в коалицию. Союз даже пытался склонить на свою сторону Ганзу, которая, впрочем, хранила нейтралитет. Война продолжалась 13 лет; ее вели как на суше, так и на море – данцигские пираты серьезно осложняли ганзейскую торговлю с Ливонией. Кульминацией стало уничтожение государства Тевтонского ордена. По условиям Второго торуньского мира (1466) Польша получала права правления над всей Западной Пруссией, обоими берегами Вислы, за исключением Мариенвердера, но включая Мариенбург. Орден перевел свою штаб-квартиру в Кёнигсберг. В его владениях осталась лишь часть Восточной Пруссии, а великий магистр стал вассалом короля Польши.
Крах Тевтонского ордена стал роковым для положения немцев на востоке, однако нельзя утверждать, что он пагубно сказался на ганзейских интересах. В некоторой степени Ганза пострадала от последствий плохой репутации, которую приобрел один из ее самых ярких участников. Зато она освободилась от торговой конкуренции и эгоистичных методов правления. Амбициозные планы Тевтонского ордена часто становились поводами для страха. Судя по тогдашним хроникам, общественное мнение в ганзейском мире в целом было враждебным по отношению к ордену. Хотя прусские города пострадали за время войны, упадок Тевтонского ордена был им выгоден, как и смена правления. В особенности выгадал Данциг, который получил такую автономию, о какой раньше не мечтал. Кроме того, город получил расширенные торговые привилегии, особенно право определять статус иностранных купцов по своему усмотрению. После заключения мира торговля Данцига стремительно пошла в рост. Однако развитие других городов на Висле, получивших такие же привилегии, постепенно клонилось к закату. Торн несправедливо обвинял в своих трудностях Тевтонский орден. Очутившийся между двумя крупными рынками, Краковом и Данцигом, он продолжал приходить в упадок при польском правлении, как и большинство немецких городов, расположенных в удалении от моря.
Освободившись от опеки Тевтонского ордена, прусские города по-прежнему сохраняли предубеждения по отношению к Ганзе. В вопросах, касавшихся прохода через Зундский пролив, отношений с англичанами и голландцами, их интересы часто противоречили интересам вендских городов. В 1450 г. один купец из Торна обобщил прусские жалобы, с горечью заявив: «Когда вендские города воюют [с Данией], они получают от этого выгоду, потому что вся торговля на Балтике направляется через Любек и Гамбург, а оттуда посуху во Фландрию; те города богатеют, а мы, бедная Пруссия, гибнем». Растущее расхождение интересов между различными группами городов в XV в. в самом деле здесь было особенно очевидным.