Речное судоходство требовало судов различных видов в зависимости от местных условий: от простых открытых лодок до небольших крытых парусников. Например, в среднем течении Рейна применялись плоскодонные баржи. Они были маневренными и имели укрепленные фальшборты для защиты от столкновений. А ниже Кёльна, где грузы переваливали на другие суда, Рейн был шире и глубже, течение медленнее, и там можно было использовать суда покрупнее, на которых иногда можно было идти под парусом. Некоторые, подобные тем, которые можно видеть на «Раке Святой Урсулы» Мемлинга, почти не отличались от глубоководных морских судов. Повсеместно одной из главных забот городских властей оставалось поддержание достаточной глубины фарватера. В гавани было строго запрещено выбрасывать за борт балласт или мусор. Даже на реках, особенно вблизи устья, в XV в. пытались воплотить в жизнь смелые инженерные проекты. Так, делались попытки углубить фарватер Траве, сократив его ширину. К сожалению, попытка успехом не увенчалась. Много усилий потратили на то, чтобы не допустить заиливания Звейна, – еще одно доказательство того, что в тот период человек был достаточно беспомощен, когда сталкивался с такой проблемой.
По всей Германии речное судоходство находилось в руках городских гильдий лодочников. Судовладельцы и советы морских портов как будто не выказывали интереса к этой отрасли. В XIV–XV вв., с развитием основных оптово-экспортных рынков, реки разделили на четко разграниченные участки, в которых монополию на судоходство присвоили себе гильдии крупных приречных городов. Примерами таких гильдий служат gylda nautarum в Берлине на Шпрее и на Хафеле и «Братство Святого Иакова» в Гамбурге в нижнем течении Эльбы. Единственным исключением в таком дроблении стала Висла.
В 1375 г. Тевтонский орден поставил над гильдиями в каждом приречном городе комитет старшин (Oldesten), который составлял правила, обязательные к исполнению всеми лодочниками и для всех грузов в прусских городах. Таким образом, Тевтонский орден учредил союз, который был одновременно профессиональным и религиозным.
Хотя речное судоходство подразумевало меньше рисков, чем морское, оно также было опасным. В случае войны между правителями земель, находящихся на берегах рек, на корабли часто нападали. Регулярный же оборонительный союз существовал снова только на Висле – по крайней мере, в середине XV в., во время Тридцатилетней войны между Польшей и Тевтонским орденом. Поскольку прусские города и знать поручили себя защите короля Польши, Тевтонский орден пытался вмешаться в речную торговлю. Тогда Данциг и Торн решили организовать караваны, сопровождаемые военными кораблями, вооруженными пушками и наемниками. Несколько раз в 1459 и 1460 гг. флотилии, состоящие из ста с лишним барж, перебирались из одного города в другой, по пути то и дело вступая в схватки.
Важность речного судоходства демонстрируют попытки расширить определенные участки рек и прорыть каналы. Временами такие проекты возбуждали ожесточенное соперничество между городами. Так, в 1377 г. Люнебург, который получал большую прибыль от сухопутного маршрута, связывавшего его с Брауншвейгом, добился от герцога запрета на прокладку на территории герцогства проходимого водного пути, который пагубно сказывался бы на его торговле. Через 50 лет, когда Брауншвейг начал сооружать канал на реке Окер, что направило бы торговлю в сторону Бремена, Люнебург, объединившись с Магдебургом, вынудил Брауншвейг приостановить работы на 7 лет (1440). Однако через несколько лет Брауншвейгу удалось возобновить приостановленный проект и соорудить судоходное русло со шлюзами до самого Везера. Такие же работы предприняли Ганновер, Зост и Херфорд.
Из всех каналов для ганзейской торговли особую роль играли два. Один прорыли в Восточной Пруссии под руководством Тевтонского ордена в конце XIV – начале XV вв. Он соединял Прегель и Куршский залив, создав водный путь, исключительно удаленный от моря, между Данцигом и Ковно, вдоль двух заливов и реки Неман. Этот канал в значительной мере способствовал экономическому развитию Данцига, который превратился в главный рынок для литовских продуктов.