В ожидании процесса в Верховном федеральном суде трое арестованных были переведены в тюрьму Карлсруэ. Гелен делал все, чтобы отсрочить начало суда. Тем временем Фельфе пользовался в тюрьме определенными привилегиями. Он находился одной в камере с Юргеном Цибелем, бывшим миллионером и королем германских деликатесов, который должен был предстать перед судом по обвинению в ложном банкротстве. Сокамерники сдружились. Несмотря на банкротство, деньги для Цибеля не были проблемой. В камеру из его дома доставили дорогие ковры, прекрасное постельное белье, посуду и столовые приборы. Еду для этой пары заключенных привозили из лучших ресторанов Карлсруэ. Время они коротали чаще всего за шахматами.
В Германии заключенных стараются занять производительным трудом. В тюрьме города Карлсруэ такой труд состоял в обертывании в почтовую бумагу журналов местного издательства и надписывании адресов на этих бандеролях. Этим и занялись Фельфе и Цибель. Для Фельфе не составляло особого труда добавить еще несколько наклеек с нужными ему адресами и вложить в журналы зашифрованные сообщения. Ему также позволили написать матери в Дрезден. В течение многих месяцев он таким образом контактировал со своими боссами из КГБ, информируя их о ходе допросов. Он также попросил их разработать план побега, а потом, когда дух его был уже надломлен, передать ему в тюрьму яд, чтобы он смог покончить с собой.
Лишь с большим запозданием, после того как один вышедший на свободу заключенный из зависти к особым привилегиям Фельфе сообщил полиции о том, как переправляются из тюрьмы секретные послания, этому был положен конец. Восточногерманский режим по указке КГБ оказал максимум политического давления на боннское правительство в надежде сорвать судебный процесс над Фельфе. В Восточном Берлине начался процесс против доктора Глобке, непосредственного начальника Гелена в ведомстве федерального канцлера. Его обвиняли в том, что он в период с 1933 по 1945 год совершал преступления против человечества, работая в Министерстве пропаганды Геббельса, и что он был причастен к гибели миллионов евреев. Изложенные на 210 страницах обвинения против Глобке вызвали почти такую же сенсацию, как процесс Эйхмана, проходивший в то время в Израиле. Суд над Глобке был, разумеется, заочным — сам он преспокойно сидел в своем боннском кабинете, — однако на него было предъявлено много компрометирующего материала.
В апреле 1962 года в Восточном Берлине состоялась еще одна пресс-конференция, на которой выступил очередной перебежчик из «Организации» Гелена, Осип Верхун, бывший офицер «ягдкоммандо» — диверсионного подразделения Скорцени, который во время войны работал вместе с Геленом, а затем стал одним из ответственных сотрудников «Организации». Он также обвинял Гелена, повторяя, что Сташинский является «подсадной уткой» Пуллаха, однако не привел никаких весомых доказательств.
Процесс над Сташинским начался 8 октября 1962 года. Подсудимый повторил признание в двух убийствах и рассказал о своей продолжительной службе в КГБ. Приговор ему был на удивление мягким — восемь лет, из которых вычли пятнадцать месяцев содержания под стражей в ходе предварительного следствия. Пошли слухи, что в этом деле на бочку выложили не все карты. 24 сентября 1962 года закончилось рассмотрение дела одного из сообщников Фельфе, бывшего государственного прокурора доктора Петера Фурмана. Процесс проходил почти полностью за закрытыми дверями. Фурману дали дееять лет. Суд учел шантаж, которому он подвергся, как смягчающее обстоятельство.
Однако расследование дела Фельфе продвигалось очень медленно. Наконец после нескольких отсрочек, когда со времени арестов прошло уж полтора года, Фельфе, Клеменс и Тибель предстали перед судом. Это случилось 8 июля 1963 года. Сразу же после того, как зачитали обвинение, суд объявил процесс закрытым. Представителей СМИ и общественности допустили в зал заседаний лишь три дня спустя. В качестве свидетелей обвинения перед судом представали один за другим чиновники из Пуллаха с постными физиономиями, но Гелена среди них не было. Во время перекрестного допроса на открытых заседаниях Фельфе отвечал односложно, но не отрицал факта своей измены. Он сказал, что руководствовался идеологическими мотивами. Фельфе якобы пришел к заключению, что союз Гелена