Обе инфекции эндемичны, приурочены к территориям Центральной Африки. Поэтому важно выявление резервуара вирусов в природе и механизмов их циркуляции. В первых из изученных эпидемий ВГЛ отмечена связь заболевших с приматами – африканскими обезьянами. Кроме эпидемии ВГЛ Марбург в 3 европейских городах, в последние годы была также установлена причастность обезьян как источников к нескольким эпидемиям этой лихорадки. Так, в 3 эпидемиях ВГЛ Эбола в Габоне в 1994 – 1996 гг. описана возможная роль обезьян. Первая эпидемия ВГЛ возникла у жителей на территории золотодобывающих поселков, где наблюдали случаи смерти обезьян. Вторая эпидемия началась с того, что все заболевшие (18 человек) снимали шкуру с трупов обезьян. В третьей эпидемии охотник из лагеря лесорубов умер от ВГЛ в начале июня, а в августе стало известно, что в соседнем лесу умерло несколько шимпанзе; позднее заболели еще два охотника, а в поселках заболели родственники лесорубов. В Кот д’Ивуаре, в национальном парке, от дикой шимпанзе заразилась сотрудница парка, причем у нее был выделен новый субтип вируса Эбола. Все эти примеры говорят о том, что несомненна роль обезьян как источников, но не как резервуара вирусов Марбург и Эбола для человека. После экспериментального заражения обезьяны выделяют вирус со слюной, мочой. Инфекция у обезьян протекает очень тяжело, как правило, с летальным исходом. Именно это обстоятельство позволяет сделать вывод, что обезьяны не являются естественным резервуаром вирусов в открытой природе, а сами переносят смертельную инфекцию. Остается неясным механизм поддержания циркуляции вирусов в межэпидемическом периоде.
Многочисленные экологические исследования по выявлению резервуара вируса Эбола проведены во время эпидемии в Конго в 1995 г. Было собрано более 3500 экземпляров грызунов, летучих мышей, рептилий, птиц, амфибий. Все тесты на присутствие у них вируса и антител к нему были отрицательными. Учитывая это обстоятельство, высказано предположение о значении летучих мышей как резервуаров инфекции. При экспериментальном заражении различных позвоночных животных вирусом Эбола только летучие мыши оказались инфицированными (Swanepoel R. L. [et al.], 1996). Отсутствие клинических признаков у зараженных мышей свидетельствует о том, что именно они резервуар инфекции. В 2002 – 2003 гг. среди 679 летучих мышей, отловленных в Габоне и Республике Конго, у 13 найдены фрагменты РНК вируса Эбола (Leroy E. M. [et al.], 2005). Среди них идентифицированы особи 3 типов, которые являются резервуарами вируса (Pourrut X. [et al.], 2005). Продолжение поиска резервуара вируса Эбола предпринято путем выявления антител к вирусу Эбола у фруктовых летучих мышей (Hayman D. T. [et al.], 2010; 2012). Эти же авторы в 2008 г. обнаружили антитела у единичных особей мышей
В Кении исследованы печень, селезенка, легкие 272 летучих фруктовых мышей на наличие вируса Марбург. РНК вируса обнаружена в объединенном материале мышей
Риск заражения людей от особей из естественного резервуара происходит редко, за исключением тех случаев, когда люди контактируют с больными животными (гориллами, шимпанзе), то есть с источниками инфекции. В последние годы на первый план выходит заражение людей от крупных летучих мышей, мясо которых традиционно употребляется в пищу местным населением в Конго, Гвинее, Сьерра-Леоне как в сыром, так и в обжаренном виде, при этом инактивация вируса не происходит.