Во время директорства Васильчикова в Эрмитаже начали работать выдающиеся ученые: египтолог Голенищев, археолог Кизерицкий, византиевед Кондаков. Эрмитаж начал становление как важный научный центр.
Обер-гофмаршал Высочайшего двора, действительный статский советник князь Сергей Никитич Трубецкой, директор Эрмитажа в 1888–1889 годах, заведовал музеем во многом номинально. При Трубецком в залах музея особенно часто устраивались придворные балы и ужины, а фактически делами Эрмитажа занимался славяновед, академик Арист Аристович Куник. Крупный историк, автор более чем 120 работ, он и стал директором Эрмитажа в 1889– 1899 годах.
После него, в 1899–1909 годах, «правил» русский театральный деятель, сценарист, художник, тайный советник, обер-гофмейстер Иван Александрович Всеволожский. Дипломат, имевший широкие связи за границей, Всеволожский был прекрасно образован и хорошо понимал значение Эрмитажа. Он привлек к работе ряд молодых специалистов, связанных с кругами коллекционеров и художников, в том числе Александра Бенуа.
Правнук князя М. И. Кутузова, Граф Дмитрий Иванович Толстой, директор Эрмитажа в 1909–1918 годах, окончательно привел Эрмитаж к уровню первоклассного музея европейского типа, в котором работали выдающиеся специалисты и в котором ежегодно бывали сотни тысяч посетителей.
В первые годы советской власти традиция продолжилась – в 1918–1927 годах директором Эрмитажа был известный искусствовед и геральдист Сергей Николаевич Тройницкий. Дворянин старого хорошего рода, сын сенатора, в 1904 году он окончил Императорское училище правоведения, и в 1908 году принят на службу в Эрмитаж в отдел средних веков и эпохи Возрождения, с 1915 – хранителем отделения древностей Эрмитажа. Директором он был избран, а в 1931-м – «вычищен по первой категории» без права работать в Эрмитаже и в 1935 году выслан в Уфу как социально опасный элемент. Хорошо, что умер своей смертью.
Из других директоров, работавших впоследствии, ученым был только искусствовед, историк античного искусства, Оскар Фердинандович Вальдгауер. Он был директором Эрмитажа недолго, исполняющим обязанности в 1927–1928 годах Вальдгауер в числе первых ввел научные методы организации музейной экспозиции.
В числе остальных мы видим профессиональных революционеров Германа Владимировича Лазариса, который мелькнул в Эрмитаже с февраля по ноябрь 1928 года, и Павла Ивановича Кларка – с декабря 1928 по август 1929 года. Революционером был и Владимир Иванович Забрежнев. Впрочем, у этого сотрудника НКВД имелось столько псевдонимов, что он вряд ли сам твердо помнил, как его зовут. Он тоже лишь мелькнул… Как и один из первых советских дипломатов, Леонид Леонидович Оболенский. Он постоянно подчеркивал, что к роду князей Оболенских никакого отношения не имеет. Эрмитаж он возглавлял несколько месяцев в последний год своей жизни. По словам его сына: «ничего не успел продать и ничего переставить. Успел только покрасить Зимний в бирюзовый цвет, каковым он был до того как его выкрасили в красно-коричневый, цвета запекшейся крови».
Торговлей сокровищами Эрмитажа активно занимался в 1930– 1934 годах советский дипломат, партийный деятель Борис Васильевич Легран. В 1934 году Леграна на посту директора Эрмитажа сменил его заместитель Иосиф Абгарович Орбели. Сам же Легран умер своей смертью и погребен на Коммунистической площадке Александро-Невской лавры. Возможно, это спасло его от репрессий.
С того времени директорами Эрмитажа неизменно становились крупные ученые. Рассказывать об археологе и востоковеде Иосифе Абгаровиче Орбели можно долго. Академик АН СССР с 1935-го, первый президент Академии наук Армянской ССР в 1943–1947 годах, он был ученым громадного масштаба.
Доцент Петроградского университета в 1917 году, профессор кафедры истории Переднеазиатского Востока Лазаревского института в 1918-м, с 1919 года он был преподавателем Петроградского археологического института, профессором кафедры истории восточного искусства Петроградского университета, членом Российской Академии истории материальной культуры (РАИМК), руководителем разрядами археологии и искусства Армении и Грузии этой академии и ученым секретарем Коллегии по делам музеев Народного комиссариата просвещения РСФСР. С 1 сентября 1924 года он стал помощником директора Эрмитажа. В страшные годы блокады, в 1941 – 1942 годах, Орбели руководил охраной и эвакуацией Эрмитажа и ленинградских учреждений Академии наук СССР. В 1944 году он работал в составе чрезвычайной комиссии по обследованию ленинградских дворцов: определял меру ущерба, нанесенного культурным ценностям авиацией и артиллерией противника. Это позволило ему в 1946 году выступать свидетелем на Нюрнбергском процессе.
Ближайший соратник Марра, Орбели создал школу советских кавказоведов, которые умели сочетать работу в области материальной культуры и филологии. Эта школа и до сих пор такая, мировой приоритет.