XVI в. открыл новый этап теоретического осмысления территориальной власти. Все более явственно обозначался научный, основанный на юридических принципах, подход к анализу властных институтов. Реформация естественным образом стимулировала метод теоретического научно-правового обобщения. Особенно впечатляющего размаха достигла протестантская традиция. «Секуляризация» статуса государя в лютеранской концепции, согласно которой властитель на земле выступал лишь хранителем общественного мироустройства в соответствии с божественными заповедями, открывала путь к исследованию естественно-правовых корней княжеского правления. Заметный вклад здесь внесла традиция Ф. Меланхтона, испытавшего влияние позднего гуманизма и сознательно выдвигавшего на передний план изучение аристотелевской политологии
. Усилиями Меланхтона в Виттенберге было введено систематическое изучение трудов Аристотеля, под влиянием его идей готовились новые кадры юристов для княжеской администрации. Тем самым объективно возрастал интерес не только к обязанностям самого властителя, не только и не столько к анализу его места в божественной картине мира, что было свойственно средневековой мысли, а именно к правовой почве функционирования самих властных институтов, отдельных отраслей власти. Сама территориальная организация, «территория» все более рассматривалась самостоятельной в юридическом смысле величиной. Следствием стало появление первых крупных компендиумов, систематизировавших юридический взгляд на различные отрасли управления. Одним из первых опытов стала появившаяся в 1600 г. книга Андреаса Книхеля «О территориальном праве» («De jure territoriale»), обстоятельно исследованная Д. Вилловайтом. В центре дискуссии оказывалась и проблема княжеского «суверенитета». Немецкая юридическая традиция отчасти питалась здесь идеями Жана Бодена, главный труд которого был переведен на немецкий язык и издан в 1592 г. Но время становления новых конфессий не избавляло теоретиков от религиозного осмысления, поэтому при всех, казалось бы, важных переменах на пути систематизации различных отраслей права по-прежнему сохранялся религиозный угол зрения, желание совместить новые подходы с иерархическими представлениями позднего средневековья. Персона властителя в трактатах юристов все еще виделась ограниченной в своих полномочиях божественным правом. Под «сувереном» подразумевался государь с полномочиями, пусть и «упакованными» в естественно-правовую оболочку, но рожденными божественной волей. «Суверенитет» фиксировался лишь в отношениях к непосредственным подданным государя, для которых он был единственной самой высокой правовой инстанцией, но эго не означало отсутствия «суверена» над самим государем. Для лютеранской и католической традиции в равной мере прослеживалось желание видеть территориальные полномочия князей ограниченными «суверенитетом» имперской власти. Под воздействием подобных воззрений формировалась особенность государственно-правовой теории в немецких землях, последовательно отрицавшей возможность «неограниченной» власти государя и видившей в «абсолютном правлении» нехристианское и тираническое содержание. Характерным был необычайно сильный запал антимаккиавеллизма, желание считать «absolutum dominium» неким пропагандистским пугалом, которого следует постоянно остерегаться.В целом наблюдается прогресс в административно-институционном развитии. Практически на всех этажах управленческих структур территорий заметны определенные подвижки, в той или иной мере имевшие перспективное значение. Но это далеко не означало торжества регионов над имперским централизмом, не образовывало нового витка в «атомизации» Империи, ее распада на «суверенные» территориальные структуры. Наращивание административного потенциала не влекло однозначного движения в сторону «суверенизации» немецких княжеств.