Если старая католическая и краеведческая австрийская традиция в общем не уделяла его портрету заметного внимания, считая Максимилиана слабой, подверженной колебаниям натурой, то в свете кардинальных переоценок последних десятилетий образ его вызывал гораздо больший интерес. «Самым убедительным, — пишет Э. В. Цееден, — представляется новый взгляд, усматривающий в императоре представителя безразличного к догме эразмиано-гуманистического христианства» [
Вернувшись домой, Максимилиан не считал нужным скрывать своего сочувствия к протестантам. Он дружил с умеренными католиками из своего окружения, завязал оживленную переписку с лютеранскими княжескими дворами и в 1557 г. с публичным скандалом перестал отправлять причастие. Огромное влияние на него оказывал надворный духовник Пфаузер, сам бывший конвертант. Отречение Карла и готовившееся избрание самого Фердинанда естественно актуализировали вопрос скорейшего избрания преемника нового императора. Но стойкое нежелание сына согласиться с основополагающими догматами католицизма и отречься от протестантских друзей сильно накаляли обстановку в семье, как, впрочем, и в отношениях с католическим духовенством и апостольским престолом. Папа откровенно отказывался согласиться на коронацию еретика, а сам Фердинанд в сердцах даже заявил, что вообще не ударит пальцем о палец в хлопотах за сыновнее наследство, если тот не откажется от богомерзких заблуждений. Споры с отцом шокировали современников. Однажды в минуту крайнего раздражения отец даже бросил: «Пусть так, пусть твой Лютер прав, пусть я отправлюсь в ад вместе со всей римской церковью и святым престолом, но даже тогда я не стану сторонником этого мерзкого еретика!» Лишь в феврале 1562 г. в Праге после долгих проволочек принц дал убедить себя в необходимости и неизбежности правильного следования римскому вероучению. Он остался формальным католиком, но в глубинах своей души всегда сохранял симпатии к лютеранам.