Как и накануне 1555 г., так и теперь Фердинанд старался опереться на мощных и относительно нейтральных протестантских лидеров. Если до 1553 г. таковым бы курфюрст Мориц Саксонский, то теперь — его преемник Август I, герцог вюртембергский Христофор и бранденбургский курфюрст Иоахим II. В 1562 г. императору удалось добиться согласия сословий на избрание сына его Максимилиана римским королем и своим наследником, что несомненно укрепляло авторитет и позиции Венских Габсбургов, исключая возможные поползновения со стороны Мадрида.
Параллельно Фердинанд напрягал усилия по скорейшему завершению работы Вселенского собора. В лице Пия IV (1559–1565) император нашел деятельного сторонника католической Реформации, так же как и он, мечтавшего поскорее завершить догматическую полемику в Церкви. Весной 1561 г. в Триенте открылась завершающая и самая важная с точки зрения принятых решений сессия Собора. Фердинанд предварительно смог настоять на своих условиях его работы, предусматривавших участие протестантских богословов и представительной фракции немецкого католического епископата. Дело тормозилось, однако, нежеланием протестантов договариваться с католическим духовенством, отчасти из-за боязни принятия Собором решений, составленных в строго католическом духе, и возможных репрессий. В свою очередь католические прелаты неохотно желали присутствовать в Триенте, страшась за судьбы своих духовных княжеств, где сильны были позиции протестантских сословий. В итоге император прибыл на Собор, сопровождаемый лишь епископами наследственных земель. Однако присутствие самого государя и занятая им позиция скорейшего принятия неотложных постановлений сильно содействовали относительно быстрому, даже поспешному завершению работы Собора. Роль Фердинанда в обновлении католической церкви представляется весьма важной.
В итоге Империя в правление Фердинанда избежала новых опасных потрясений, связанных с пересмотром статей Аугсбургского мира. Достигнутые в 1555 г. договоренности все больше воспринимались сословиями необходимой правовой основой всеимперского согласия и мира. При всех спорных пунктах вожди католических и лютеранских сословий были готовы к сотрудничеству с престолом. Отлитый в правовые нормы компромисс позволял восстановить правительственные функции короны и превращался в непременное условие успешной работы имперских учреждений.