Возглавив Империю, Максимилиан последовательно продолжал основные линии в политике отца. В отношении имперских учреждений это выразилось в столь же стойком желании опираться на мнение рейхстага как высшего сословного форума (четыре созыва 1566, 1568, 1570, 1575) и повысить авторитет имперского камерального суда
, ставшего после 1555 г. главным судебным органом по конфликтам на религиозной почве. Оба учреждения демонстрировали устойчивость и компромисс. Относительная стабильность в концерте имперских князей позволила Максимилиану попытаться реорганизовать военно-административные структуры Империи. Темой военной реформы был озадачен Шпейрский рейхстаг 1570 г., на котором император по предложению Лазаря фон Швенди выступил с инициативой запрета вербовки наемников в имперских землях и военной службы за рубежами Империи. Полагая, что практика наемничества истощала военные ресурсы, Максимилиан и Швенди хотели организовать общеимперские контингента, комплектовавшиеся на основе территориально-окружной системы под эгидой местных имперских чинов. Однако рейхстаг провалил проект не столько из-за опасения роста военной мощи Габсбургов, сколько по причине существенных финансовых расходов, а также поскольку предложения короны, по мнению чинов, ограничивали их сословную свободу.Внутреннее развитие Империи характеризовалось еще меньшим риском скорого распада Аугсбургской системы, чем в предшествующие годы, но являло перспективно весьма опасные противоречия. Как при Фердинанде, так и на протяжении всех лет правления Максимилиана протестанты постоянно выдвигали требование полной свободы религиозного вероисповедания. Поскольку речь не шла уже о компромиссе в вере, надежды на который развеялись в 1557 г., а предполагалось лишь свободное отправление всех узаконенных в Аугсбурге конфессий, то вновь неизбежно возникал вопрос «духовной оговорки». Максимилиану удалось на Аугсбургском рейхстаге 1566 г. парировать требования лютеранских князей вернуться к этой проблеме. Весьма эффективным средством стало манипулирование фактором кальвинизма, особенно после введения кальвинистского вероисповедания в Пфальце в 1562–1564 гг., пугавшего лютеранских ортодоксов новым расколом. Играя на неразрешимых с точки зрения богословия противоречиях между евангелическими и реформатскими сословиями, Максимилиан мог использовать раскол единого протестантского фронта.
Но здесь же крылись источники нового обострения. Одним из них становился впервые заявленный радикализм Пфальца
, где после введения кальвинизма курфюрст Фридрих III Благочестивый (1559–1576) видел будущее не только в правовой легитимации своего выбора на уровне Империи, но и в динамичной политике, призванной подкрепить Пфальц надежными союзниками в Нидерландах, во Франции и в рейнских землях Империи. Активность Пфальца была естественной реакцией гейдельбергского курфюрста на блокаду со стороны евангелических князей. Но она же угрожала вывести пфальцский фактор за границы имперского политического поля. С другой стороны, наметилось дистанцирование от Вены баварских Виттельсбахов в лице Альбрехта V, особенно после фактического роспуска Ландсбергского союза и осуществления в Баварии с 1566 г. поэтапной рекатолизации на всех уровнях, что контрастировало с компромиссной политикой Максимилиана. Разумеется, отход от более тесного партнерства с Баварией не был равнозначен глубокому расколу в протестантских рядах, но в совокупности все эти тенденции угрожали ослаблением имперского контроля и влекли изоляцию императора. Однако в целом Максимилиану удалось овладеть положением. Главными партнерами короны, как и раньше, оставались умеренные лидеры немецкого протестантизма, прежде всего Саксония (Август I) и Вюртемберг (Христофор I). Опираясь на них, император находил подспорье в протестантском лагере Империи.
Император Максимилиан II (1564–1576). Склонность к протестантизму не смогла пересилить в нем династическую верность Риму, но при нем Империя отдыхала от религиозных смут предшествующих лет. Гравюра Ганса Зебальда Лаутензака, 1555 г.