Успехи миссионерской деятельности Канисия следовали в русле общих, весьма энергичных усилий ордена в отношении немецких земель. В 1552 г
. был учрежден первый иезуитский коллегиум в Вене, затем число учебных заведений, контролируемых иезуитами, резко возросло: появились коллегиумы и университеты в Кёльне, Ингольштадте, Вормсе, Мюнхене, Аугсбурге, Трире, Иннсбруке, Майнце, Диллингене, Вюрцбурге. Университет в Диллингене (диоцез Аугсбург), основанный в 1564 г., стал самым знаменитым и популярным в Германии среди католической элиты и первым университетом, всецело находившимся под опекой ордена. Формы деятельности Общества Иисуса были различны: иезуиты выступали в качестве исповедников и проповедников в сельской местности, в городах, при католических дворах, в качестве экспертов по делам церкви — в епископских и княжеских резиденциях, в качестве педагогов и наставников — в университетах, коллегиумах и в княжеских и дворянских семьях. Из практики старых монашеских орденов иезуиты использовали полифункциональность деятельности и ее повсеместность, не ограничиваясь лишь сельской или городской общиной. Но они наполнили старые формы новым качеством, прежде всего в сфере церковного и светского образования. Педагогическая метода иезуитов стяжала им большую известность. В организации преподавания они последовательно проводили принцип разделения по классам с самостоятельными годичными программами (сельские и городские школы). В области теории иезуиты сочетали наглядную педагогику с принципами гуманизма в смысле раскрытия максимальных возможностей человеческих дарований, могущих служить духовному возрождению. Следствием выступал широкий гуманитарный уклон (изучение языков, истории, истории церкви). В сфере религиозного наставничества постоянно подчеркивалась значимость исповедания и причащения, что стимулировало необычайный рост популярной духовной литературы в католической Германии.Число иезуитских миссий быстро росло. Сперва были организованы две провинции ордена в Империи: рейнская и верхненемецкая, а в конце века — еще одна, австрийская, охватывавшая наследственные земли Габсбургов.
Обновление епископальной церкви было подготовлено на общецерковном уровне созданием по инициативе Лойолы в 1552 г. Немецкого Коллегиума
в Риме, призванного обучать будущих высокопоставленных клириков Империи. Популярность Коллегиума вскоре стала огромной: в XVII в. около трети всех немецких епископов были питомцами этого заведения, спустя сто лет цифра возросла до двух третей. Вспомогательную роль выполняли ведущие итальянские и нидерландские университеты, контролируемые иезуитами, в стенах которых преподавали крупнейшие католические богословы (Падуя, Болонья, Лувен).Среди представителей тридентского католицизма на епископских кафедрах Германии можно выделить два поколения. Старшее в нашем понимании заключало современников Тридентского собора. Для них идеи церковного обновления преобладали над текущей политической конъюнктурой. Многие прелаты стремились наладить тесное взаимодействие между апостольским престолом и региональными диоцезами. Младшее поколение выступило на рубеже XVI–XVII вв. Оно действовало под давлением все более нараставших кризисных симптомов в имперской организации. Кризис времен Рудольфа II вынуждал постоянно разрываться между хлопотами во благо церкви и сохранением своего влияния в сословном обществе. Для епископов этого второго поколения территориальные и правительственные интересы столь тесно переплетались с духовными, что превращали их скорее в экспонентов политической власти, нежели лишь только в духовных подвижников. Впрочем, чересчур обильный и пестрый биографический материал исключает широкие обобщения.
В самых общих чертах мы можем отнести к представителям первого, собственно тридентского поколения немецкого епископата такие бесспорно ключевые фигуры, как кардинал и епископ Аугсбурга Отто Трухзесс фон Вальдбург
(1543–1573), архиепископ Майнцский Даниэль Брендель фон Хомбург (1555–1582), архиепископ Трирский Якоб III фон Эльц (1567–1581).