В течение следующих лет доктор Попиц несколько раз беседовал о предполагаемом государственном перевороте с Беком, доктором Гёрделером и их общим другом бывшим послом фон Хасселем. В более поздних беседах принимал участие также бывший статс-секретарь Планк и бывший профессор университета Йессен, который служил в звании капитана при главном квартирмейстере. В ходе этих бесед Хассель заявил, что, по его мнению, все еще можно добиться от врага приемлемых условий мира. Однако предварительные переговоры об этих условиях будут возможны, только если в Германии будет сформировано правительство, способное вести эти переговоры, поскольку Великобритания откажется вести переговоры с фюрером и министром иностранных дел фон Риббентропом.
По ходу разговоров стало ясно, что больной и озлобленный Бек, который с таким пессимизмом смотрел на военную ситуацию и полагал, что только чудо может спасти рейх, должен стать главой государства, а Гёрделер канцлером рейха. Что же касается представителя военного командования, которого выберут для проведения военной акции по свержению фюрера и нацистского режима, то он станет главнокомандующим вермахтом. Доктор Попиц поначалу придерживался мнения, что после того, как фюрер будет смещен, во главе страны должен стать рейхсмаршал Геринг.
Однако другие заговорщики отказались от этого предложения точно так же, как отказались от возможного возвращения монархии. Подготовка должна была вестись к бескровному захвату государственной власти вермахтом.
Обсуждалась и возможность введения осадного положения, и план, согласно которому командующим военных округов будет поручено устранение нынешних лидеров государства и партии и временное поддержание порядка в своих округах. Доктор Попиц знал, что военные приготовления находятся в руках бывшего генерала Ольбрихта, которому в том, что касается Берлина, было обещано содействие со стороны начальника полиции графа Хелльдорфа.
Доктор Попиц разговаривал с обоими, но не узнал от них никаких деталей планируемого переворота. Бек намекнул, что ряд представителей высшего военного руководства собираются выдвинуть ультиматум с требованием, чтобы фюрер ушел со своих постов. Но постепенно росла уверенность, что этот вариант не приведет к успеху, и было решено, что фюрер должен быть „каким-то образом устранен“. Как будет осуществляться это устранение, в присутствии доктора Попица не обсуждалось. Ему было сказано, что всей подготовкой занимаются Ольбрихт и Бек и что задача гражданских подготовить гражданские меры, которые будут приняты после переворота.
При обсуждении этого пункта с Беком, Гёрделером и другими заговорщиками доктор Попиц все сильнее вступал в противоречия с Гёрделером. Если Гёрделер предусматривал народное представительство, Попиц считал, что это совершенно невозможно, и высказывался за продление авторитарного правления. В ходе этих дискуссий о реконструкции рейха доктор Попиц внес письменное предложение по формированию централизованной структуры государства. В то время как доктор Гёрделер хотел возродить экономику, основанную на конкуренции, доктор Попиц выступал за поддержание жесткого регулирования экономики на длительное время, если не навсегда. Самые сильные разногласия возникли по вопросам труда. Доктор Попиц знал, что Гёрделер поддерживает связи с бывшим лидером социал-демократических профсоюзов Лёйшнером и другими, целью которых является создание одного объединенного профсоюза. Доктор Попиц был категорически против создания такой организации рабочих, против их влияния на политику и фактически против любых уступок рабочим. Попиц проинформировал Бека о своем несогласии с Гёрделером, не пытаясь склонить его к своей точке зрения.
Разногласия между доктором Попицем и доктором Гёрделером возникли также по вопросу о том, кто должен занять важные посты в новом правительстве. Попиц был против предложения Бека назначить Гёрделера канцлером и предложил вместо него своего знакомого генерала. Сам он отказался занять пост министра финансов, предложенный ему Гёрделером, объяснив это тем, что предпочел бы стать министром образования.
В ходе этих дискуссий доктор Попиц вступил в контакт с враждебной государству кликой, сформировавшейся вокруг графа фон Мольтке. Бывший старший лейтенант граф фон дер Шуленбург, который тоже принадлежал к этому кружку, несколько раз посетил доктора Попица, чтобы сообщить ему, что группа Мольтке считает Гёрделера реакционером и непопулярной фигурой и не хочет, чтобы он стал канцлером.
Из-за разногласий доктор Попиц и доктор Гёрделер отдалились, и в конце концов их отношения закончились.