Обстоятельства благоприятствовали деятельности сидевшего под стражей патриарха. В августе 1611 года Ян Сапега разбил казацкие отряды и открыл дорогу для снабжения продовольствием отрядов Гонсевского. Этим воспользовались все, кто хотел проникнуть к патриарху. Помимо москвитян к нему приходили казанцы, нижегородцы, свияжане. Он узнал, что Казань выслала дружины к Москве, что здесь и смоленские дворяне, бежавшие от Сигизмунда. Он первым понял, что смерть Ляпунова и все раздоры между ополченцами были вызваны тем, что казаки хотели посадить на русский престол Маринкиного сына, что от этого и вся смута.
История сохранила имя бесстрашного связного Гермогена — предприимчивого и ловкого Роди Мосеева. Известно, что он доставил нижегородцам одну из первых грамот патриарха. Вот её текст, позволяющий судить о том, что государственные заботы не оставляли святителя до конца дней его:
«Благословение архимандритам, игуменам, и протопопам, и всему святому собору, и воеводам, и дьякам, и дворянам, и детям боярским, и всему миру: от Патриарха Ермогена Московского и всея Руси. Мир вам и прощение и разрешение. Да писать бы вам из Нижнего в Казань к митрополиту Ефрему, чтоб митрополит писал в полки к боярам учительную грамоту, да к казацкому войску, чтобы они стояли крепко в вере, и боярам бы говорили и атаманам бесстрашно, чтобы они отнюдь проклятого Маринкиного паньиного сына (далее пропуск) не благословляю. И на Вологду ко властям пишите же, также бы писали в полки. Да и к рязанскому епископу Феодориту пишите тож, чтобы в полки также писали к боярам учительную грамоту, чтобы уняли грабёж, корчму, блуд, и имели бы чистоту душевную и братство, и промышляли бы, как реклись души свои положити на Пречистыя дом, и за чудотворцев, и за веру, так бы и совершили. Да и во все городы пишите, чтоб из городов писали в полки и атаманам, что отнюдь Маринкин сын на царство не надобен...»
По-отцовски строго надзирал Гермоген за делами в державе и словно не из тюрьмы, а из патриаршего дома посылал свой наказ хранить державу и веру.
Что давало силы измождённому старцу в нужде великой и тесноте, какую чинили ему ляхи и бояре-изменники? Страна представляла собой поле, куда налетели многие хищники. Уже и шведы из недавних союзников стали врагами, хозяйничали на севере, взяли Новгород. Но мы и сами были себе злейшими врагами, сами свергли законного царя, сами терзали свою землю разбоями и грабежами, сами наполняли богатством руки иноземцев, в распрях междоусобных убивали лучших людей.
Позже люди назовут это время
Из узкого оконца кельи-тюрьмы Гермогену виден угол монастырской стены и возле неё могилы Дмитрия Донского, Ивана III и Михаила Шуйского, героя псковской осады. Отнюдь не безотрадные, но стойкие мысли рождались в душе Гермогена при виде святых отецких могил. Или слава сих сынов отечества крепилась раздорами в державе?! И коли мы оплошали ныне, то причину надобно искать в себе самих. Каждому надобно очиститься от душевной скверны, и тогда воссияет надежда на спасение Руси. Царь Василий был одним из немногих, кто понимал это. По всей державе было постановлено о необходимости поста и покаяния. И много ли успели в этом? Иные после поста и покаяния нижтоже сумняшеся бежали к «Тушинскому вору». Покаяние по воле церкви и державному смотрению не стало потребностью души каждого. А всё оттого, думал Гермоген, что по наущению сатаны люди погрязли в грехе. Всяк думал о себе, и мало кто думал об отечестве.
Притупилось религиозное чувство, спасавшее Русь во все времена.
Гермоген денно и нощно молился Пречистой Богородице, дабы даровала русским людям душевное прозрение и подвигла их ко всеобщему покаянию.
Глубокой ночью Гермогену приснился сон, после которого он не мог заснуть. Будто бы из небесной глубины в келью проник голос, трижды повторивший: «Покайтесь! Покайтесь! Покайтесь!..»
Затем дверь кельи отворилась, и в ней появился святой Иоанн Златоуст. Он был в святительской одежде, ниспадавшей до полу. В глазах его был дивный свет, но взор был строгим. Гермоген упал перед ним на колени, но голос повелел:
«Встань! Я пришёл, дабы ты исполнил мою волю! Не полагайся на себя и не думай, что у тебя достаточно времени для жизни. Не медли обратиться к Господу! Знаю: много согрешили русские люди, да однако же не лишены покаяния. Потому что стоите ещё на поприще борьбы. Не отчаивайтесь в своём спасении. Первый путь к нему — осуждение своих грехов. Пробудите внутри себя обличителя — свою совесть».
Обдумав сон, Гермоген стал молить Бога, дабы явил истину его несчастным соотечественникам. Подобно людям Древней Руси, Гермоген верил в божественное внушение человеку благих помыслов. Но как узнают ныне православные люди о разных путях покаяния? Многие приходы закрыты, церкви поруганы, и сами люди во всём изверились.