Исполнение этого царского приговора о воинах-монахах было для Гермогена весьма затруднительно. В Казанском крае началась смута, затронувшая и монастыри. Год накануне был неурожайный, и за нищенскую плату в монастырь служить не шли, а больше нанимались к богатым татарам и русским, которые, скупив накануне хлеб, подняли на него немыслимые цены. Те, кто чувствовал в себе силу, уходили в казаки. Оставались немощные да старики. Но и тот малочисленный отряд воинов, что удалось сколотить, рассеялся по дороге.
Другой бедой была смута в умах людей. Волхвы говорили, что в нынешнем году наступит новое царствование. Отовсюду приходили вести о таинственных явлениях и грозных предзнаменованиях: где-то пронёсся ураган, снося крыши домов и церковные купола, у людей и животных рождались уроды, собаки поедали собак, волки — волков, лисицы бегали в посадах. Из Москвы приходили вести о знамениях на небе. То два месяца появились, едва успела сойти вечерняя заря, то огненные полотнища наступали друг на друга. А ещё по небу пронеслась яркая комета, и волхвы советовали царю остерегаться беды.
О наближении беды думал и Гермоген. И когда пришло известие о смерти царя Бориса, он выехал в Москву, всё ещё надеясь отвратить неотвратимое. Шли упорные слухи, что Борис сам отравился. И многие верили. От царя, впавшего в малодушие, можно было ожидать и посягательства на свою жизнь. Но, узнав, в каких тяжких мучениях умер Борис, Гермоген отверг версию о его самоубийстве. Борис знал толк в зельях и мог бы выбрать себе смерть менее мучительную. «Выбрать» смерть, чтобы обездолить семью и взвалить на плечи сына-отрока непосильное державное бремя? Не чувствовал в себе сил на схватку с мнимым царевичем?
Гадай не гадай, а беда у ворот. Фёдору присягали равнодушно, и клятва была та же самая, какую приносили Борису. Ужели верил Борис, когда возле его смертного одра бояре целовали крест на верность Фёдору, ужели верил он, что бояре будут верны присяге его сыну-отроку?
Узнав, что войско принуждают принять новую присягу — «Димитрию», что навстречу самозванцу выехали клятвопреступники — князь Василий Голицын и боярин Михайла Салтыков, Гермоген подал мысль патриарху Иову созвать освящённый собор и проклясть клятвопреступников-зачинщиков, отлучив их от церкви, но Иов казался растерянным и ни на что не решался. Всё совершалось помимо его воли. Выполняя волю самозванца, вернувшиеся в Москву клятвопреступники убили юного царя Фёдора и его мать Марию Григорьевну. Ксении Годуновой сохранили жизнь. Ей была уготована судьба наложницы самозванца.
В тот роковой день Гермогену случилось посмотреть в глаза убийц царя и его матери — князей Василия Голицына и Рубца-Мосальского. Они являли вид спокойствия, и не дрожали у них руки, запятнанные кровью. О, слуги дьявола! О, тяжкие времена!
Похоронили несчастных в том же Варсонофьевском монастыре, что и царя Бориса. Похоронили без почестей, достойных сана, не в белых одеждах, как надлежало, но в тех, в каких убивали.
Свершилось то, что Борис Годунов уготовил некогда царевичу Димитрию!
Гермоген сотворил молитву за невинно убиенных. Царство тебе небесное, невинный отрок! Чистый телом, ты предстанешь перед Христом как святой, ибо непричастен грехам своего родителя. Невинные, вы пострадали за виновного. И никто не защитил вас, ибо мало Христово стадо, много же сатанинского антихристова воинства.
О, многие беды лягут отныне на Русскую землю! С этими печальными мыслями Гермоген, минуя Казань, выехал в вятские пределы к дочери. Душа искала покоя и отдыха.
Дочь Анастасия жила в богатом посаде Вятские Поляны. Гермоген знал, что она на сносях. Самое время поехать к ней. Наступали смутные дни, и Бог знает, приведётся ли ещё повидаться. Силу в державе взяли лихие люди. И хоть они прозывались боярами да князьями либо дьяками думными, а были злее тех разбойников, что водились в лесах. И сами разбойники начали промышлять открыто, перейдя на службу к державным смутьянам. Оттого и на дорогах стало тише, а по сёлам и высям стало опасно жить. Не ровен час либо из дома выселят, либо вотчины лишат, либо заберут с собой и увезут неведомо куда. Не считались ни с саном, ни с сединами. В Казанском крае пропадали дьячки, иереи, иеромонахи. В монастырях пришлось усилить охрану. Спаси нас, Господи! Не стало бы хуже с приходом самозванца.