Еще 13 декабря командующий войсками Закавказского фронта генерал-лейтенант Д. Т. Козлов доложил Верховному главнокомандующему решения на Керченскую операцию. В них, в частности, отмечалось: «После личного изучения театра предстоящих действий и уточнения с вице-адмиралом Октябрьским возможностей ЧФ для полного окружения и уничтожения керченской группировки противника решил: одновременно с форсированием Керченского пролива согласно плану операции выбросить морской десант силою две дивизии и бригаду со средствами усиления в районе Феодосии, авиадесант в районе Владиславовки и вспомогательный морской десант в районе Арабат, Ак-Монай с задачей овладеть районом Сейджеут, Кошай, Ак-Монай, Арабат, Владиславовка, Насыпной, Султановка и прочно удерживать его до полного разгрома керченской группы противника и для действия в тыл ей. Готовность операции намечена на 20.12.1941 г. Директива дана войскам 13.12 с/г в 24.00»{92}.
В 21.15 23 декабря командующий войсками Закавказского фронта получил директиву Ставки ВГК № 005998 «О вариантах десантной операции в Крым». Копия директивы была послана наркому ВМФ. В ней отмечалось, что, рассмотрев предложенные командующим войсками Закавказского фронта и командующим Черноморским флотом варианты операции в Крым, Верховный главнокомандующий приказал проводить немедленно первый вариант, одновременно готовясь к проведению второго варианта{93}. Обстановка на советско-германском фронте к этому времени характеризовалась продолжающейся борьбой за овладение стратегической инициативой. Советские войска в начале 1942 г. развернули наступление на ряде участков фронта, в том числе и на его южном крыле.
В окончательно утвержденном Ставкой ВГК плане Керченско-Феодосийской десантной операции предусматривалось произвести высадку десанта двумя эшелонами одновременно на северном, восточном и южном (в Феодосийском порту) побережьях Керченского полуострова. В состав десантных сил были включены шесть стрелковых дивизий, две стрелковые бригады и два горнострелковых полка 51-й и 44-й армий: всего 41 930 человек, 43 танка, 198 орудий и 256 минометов, 348 единиц автотракторной техники и около 1800 лошадей. К участию в операции были привлечены более 250 кораблей и судов Черноморского флота, а также для поддержки и прикрытия десанта с воздуха 660 самолетов ВВС Закавказского фронта и Черноморского флота. Командующий Закавказским фронтом генерал-лейтенант Д. Т. Козлов поставил перед войсками, участвующими в операции, задачу — окружить и уничтожить Керченскую группировку противника общей численностью около 25 тысяч человек, 180 орудий, 118 танков и две авиагруппы, вынудить немецкое командование с целью оказания помощи своей группировке на Керченском полуострове снять часть сил из районов Севастополя и Таганрога. Главный удар должен был наноситься из района Феодосии{94}.
В соответствии с планом 51-й армии под командованием генерал-лейтенанта В. Н. Львова следовало форсировать Керченский пролив, одновременным ударом с севера и с юга овладеть городом Керчь, затем Турецким валом и во взаимодействии с 44-й армией окружить и уничтожить керченскую группировку противника. В дальнейшем 51-я армия должна была занять северную часть Ак-Монайской позиции. Войскам 44-й армии под командованием генерал-майора А. Н. Первушина предстояло высадиться главными силами в районе города Феодосия, освободить его, овладеть районом Сейтджеут, Кошай, Ак-Монай, Арабат, Владиславовка, Коктебель и оборонять до полного уничтожения керченской группировки противника. Частью сил 44-я армия должна была наступать на Марфовку и содействовать 51-й армии в уничтожении окруженных сил противника, в дальнейшем развивать наступление на Карасубазар. Из состава 44-й армии планировалось также по одному стрелковому полку десантировать в районах городов Опук и Коктебель.
Высадка всех десантных отрядов 44-й и 51-й армий должна была начаться одновременно за два часа до рассвета без огневой подготовки. Подготовка операции закончилась к намеченному сроку. В районах и пунктах посадки были сосредоточены десантные части, корабли, суда и плавсредства.
Однако обстановка под Севастополем осложнилась, что потребовало внести существенные изменения в план операции. Как уже было сказано выше, противник 17 декабря 1941 г. предпринял второй штурм Севастополя. Выполняя указания Ставки ВГК, командование Закавказского фронта на кораблях и транспортах Черноморского флота перебросило в Севастополь 345-ю стрелковую дивизию и 79-ю отдельную стрелковую бригаду, личный состав которых первоначально планировалось задействовать при проведении высадки десанта в Феодосии.