Эскадрилья Ворожейкина летала на истребителях-бипланах И-153. В конце июня 1941 года вылетели на боевое задание — патрулировать небо над Ереваном. Немецкие бомбардировщики и самолёты-разведчики туда уже долетали, разбрасывали пропагандистские листовки. И вот эскадрилья Ворожейкина перехватила девятку советских ДБ-3. Двухмоторные самолёты очень напоминали немецкие «Хейнкели». Необычный чёрный камуфляж и вовсе сбил с толку. Ворожейкин приказал своим сажать бомбардировщики на свой аэродром. Те не подчинились. Как потом оказалось, они несли полный комплект бомб и потому садиться не могли. Предупредительную очередь ведущего истребителя один из ведомых принял за атаку и открыл прицельный огонь по замыкающему ДБ-3. Очередь полоснула по колпаку хвостового стрелка.
Убит стрелок, повреждён бомбардировщик. Свои — по своим. Скандал и позор. Но командование ЧП решило спустить на тормозах. Командиров истребительного и бомбардировочного полков понизили в званиях и направили на учёбу в Москву в Военно-воздушную академию.
Курс обучения в годы войны во всех военных учебных заведениях был сокращённый. Уже в сентябре 1942 года капитан Ворожейкин вернулся на передовую и получил назначение на должность старшего политрука 728-го истребительного авиационного полка. Полк дрался на Калининском фронте. До весны полк летал на стареньких И-16. С немецкими «Мессерами» тягаться он, конечно же, не мог. «Ишаки» не могли догнать даже бомбардировщик Ju. 88. Схватывались с ними лишь на встречных курсах в коротких атаках.
Боевой счёт в этот период увеличить не удалось. Но сам едва не был сбит. Звено вылетело на сопровождение штурмовиков Ил-2. Пока штурмовики ходили вдоль немецких окопов, разгорелся воздушный бой. Ворожейкина атаковал «Мессершмитт» Bf. 109. А тут ещё беда: при взлёте у «Ишачка» Ворожейкина не убрались шасси. Так и летал с колёсами навыпуск. Немец оказался цепким, опытным. Это Ворожейкин почувствовал по его атакам, по тому, как тот после первого сближения тоже понял, что перед ним не лопоухий новичок, который от чрезмерного нервного напряжения забыл убрать шасси. А достать «Мессера» Ворожейкин мог на своём тихоходе только с близкого расстояния. Так и крутился на вертикалях, уходя от стремительных атак, пока не подоспела помощь.
В марте 1943 года 728-й ИАП перевооружили, укомплектовав новыми Як-7Б. Для освоения новых боевых машин полк перебросили в Подмосковье. Ставка готовила войска к Курской битве. Накапливались резервы. Полк, в котором воевал Ворожейкин, имел хороший послужной список и богатую боевую историю: сформирован в Казахстане, в городе Чимкенте из лётчиков-инструкторов, находившихся в эвакуации. В Чимкент была эвакуирована Чугуевская военная авиационная школа. Техниками стали специалисты авиационных ремонтных мастерских. Полк получил истребители И-16. На фронт полк прибыл 16 января 1942 года и влился вначале в 8-ю, а затем был передан 7-й смешанной авиационной дивизии, действовавшей в направлении Демянск, Холм, Молвотицы. Летом 1942 года перебазировался на полевой аэродром близ Старицы на Калининский фронт. Эскадрильи действовали в направлении Ржева, Оленина, Лихославля, Торжка. Зимой полк перелетел на аэродром под Торопец и действовал на Андреаполь, Великие Луки. 2 июня 1943 года полк перелетел в Бутурлиновку Воронежской области. Какое-то время обустраивался на новом аэродроме, инструкторы и «старики» обучали новичков. Техники осваивали новые самолёты.
Командовал полком майор, впоследствии подполковник Владимир Степанович Василяка. Он был опытным лётчиком. Всегда вылетал с полком на боевые задания. 5 мая 1945 года он будет сбит над Бреслау прямым попаданием зенитного снаряда и погибнет…
Ворожейкин медленно продвигался по служебной лестнице. К лету в капитанском звании получил 3-ю эскадрилью полка. И казалось, это ничуть его не смущало. У него было главное, к чему он постоянно стремился, — небо. Из воспоминаний А. В. Ворожейкина: «На всех фронтах, словно перед бурей, стояло затишье. Обе стороны готовились к новым битвам.
Полк давно уже переучился на Як-7Б и теперь, перекочевав под Бутурлиновку, небольшой городок Воронежской области, летал „на себя“. Мы вели учебные воздушные бои, стреляли, вникали в повадки „Мессершмиттов“ и „Юнкерсов“.
Изредка командование предоставляло лётчикам отдых. А техникам? Им, великим труженикам, такое удовольствие выпадало только в затяжное ненастье. Летом — ненастье редкость, и теперь они постоянно на аэродроме: изучают технику до самого малюсенького шплинтика, готовят машины к полётам. И даже сейчас, когда идёт переформирование, техникам нет покоя.
Сегодня у лётчиков нашей эскадрильи выходной. После завтрака мы пошли на Осередь, речушку тихую, узкую, местами глубокую — можно купаться. Берег выбрали удобный, крутой, с рощей. Рядом — плакучая ива. Он неё веет горьким, сырым запахом, перемешанным с ароматом цветов. Меня сразу уносит в детство, к такой же маленькой, как Осередь, речке Узоле — притоку родной Волги. Луга, сенокос, солнце, запах трав».