Ворожейкину в ходе боёв присвоено звание майора. Теперь он сам подбирал себе лётчиков из числа прибывающих из училищ. Наставляя их, знал, что они, младшие лейтенанты, смотрят на него как на бога — так когда-то на Халхин-Голе смотрел он на Григория Кравченко и Сергея Грицевца, — ловят каждое слово и каждое слово будут помнить, как положения устава.
— Воюй по закону лётчика-истребителя, — твердил Ворожейкин, — всегда атакуй первым. Замечай врага первым, высоту набери первым, атакуй первым, а если ещё со стороны солнца, то совсем хорошо. Помни: эффективность первых залпов решает успех всего боя. Первый — хозяин неба. Никогда не терять высоту! Не терять!
Он знал, что самые важные слова молодые лейтенанты запомнят, и, возможно, кому-то из них эти прописные истины, усвоенные вовремя, спасут жизнь, помогут победить в воздушном бою. Хотя знал: через неделю-другую от пополнения останется половина, а то и треть. Одни попадут в госпитали, другие — в землю.
В ходе Белгородско-Харьковской наступательной операции полк, прикрывая бомбардировщиков и штурмовиков, обеспечивал также действия наших танковых соединений и пехоты в районах Томаровки, Богодухова, Валков, Ахтырки, Чугуева.
После Курской дуги пилоты 728-го истребительного полка под крыльями своих истребителей вскоре увидели просторы Украины. Полк постоянно менял свои базы, всё западнее и западнее. Вскоре широкой лентой блеснул Днепр, показались кварталы большого города, уходящие за правый берег — Киев.
В конце августа во время посадки на аэродром его самолёт был внезапно атакован парой немецких «охотников» «Фокке-Вульф» Fw. 190. Як загорелся. К счастью, это произошло уже на земле. Ворожейкин был ранен. После госпиталя получил краткосрочный отпуск на родину.
Возвращение совпало с активными боями на Днепре. В одном из воздушных боёв за одну минуту Ворожейкин сбил два «Мессершмитта». Во время битвы за Днепр снова работали как крестьяне во время страды — с восхода до заката. По четыре вылета в день. Прикрывали переправы, отгоняли стаи немецких пикировщиков от Днепра, сопровождали штурмовые полки на ту сторону, вели разведку. В одном из боёв самолёт Ворожейкина был повреждён. На своём аэродроме садился на одно колесо.
В ноябре 1943 года у Ворожейкина снова произошёл поединок с немецким асом. Победу одержал Ворожейкин. Немец во время сложного пилотирования врезался в землю. Як комэска от перегрузок был настолько деформирован, что техники в полевых условиях справиться с ремонтом не смогли.
Буквально через несколько дней Ворожейкин организовал воздушный бой так, что во время атаки на строй немецких бомбардировщиков эскадрилья Яков за несколько минут сбила девять самолётов противника, разогнала истребителей сопровождения и заставила «Юнкерсы» разгрузить бомбы в поле. Ворожейкин привёл свою эскадрилью на аэродром без потерь. Три «Юнкерса» в этом бою сбил командир и довёл свой личный счёт до тридцати.
Мастерство аса росло. Ворожейкин умело выстраивал комбинации для атаки группой и хладнокровно управлял боем, навязывая противнику свой сюжет. Случались и роковые ошибки. Над Днепром атаковал свой дальний бомбардировщик Ил-4. К счастью, пилот Ила был опытным и смог посадить подбитый самолёт, из экипажа никто не пострадал. Когда начали разбираться, выяснилось: Ил-4 залетел в район, где эскадрилья Ворожейкина вела воздушный бой с немецкими бомбардировщиками и истребителями сопровождения. Такое случалось часто, и инцидент не получил широкой огласки.
Четвёртого февраля 1944 года командир эскадрильи 728-го истребительного авиационного полка капитан Арсений Васильевич Ворожейкин за умелое управление эскадрильей и личное мужество удостоен звания Героя Советского Союза.
Весной 1944 года он перехватил и сбил разведывательный «Хеншель», но и сам был атакован, Як получил несколько пробоин и начал терять скорость и управление. Прыгать не стал. Сажал самолёт в поле на немецкой территории. Посадил. Ворожейкин выбрался из самолёта. Удар в момент соприкосновения с землёй был ощутимый, но позвоночник был цел. А вскоре услышал знакомый рокот мотора У-2. Площадку для посадки биплана он уже приготовил. Тот сразу плюхнулся на неё. А через несколько минут трудяга У-2 уже уносил спасённого комэска домой.
В июле 1944 года ему было присвоено звание майора, а 19 августа он получил вторую Золотую Звезду. К тому времени Ворожейкин, заместитель командира 32-го истребительного полка 256-й истребительной авиационной дивизии, уже летал на новеньком Як-9 и имел на своем личном счету 46 побед.
В октябре 1944 года Ворожейкин был назначен на должность старшего инструктора-лётчика Управления боевой подготовки фронтовой авиации РККА. Но каждый раз, прибывая в какой-нибудь истребительный полк для инспекции, садился в истребитель и вылетал с очередной группой на боевое задание.