Командование бригады подводных лодок КБФ не смогло своевременно узнать об этих существенных изменениях в обстановке. Тем более что в феврале сменился командир бригады, которым теперь стал капитан первого ранга С. Б. Верховский – тот самый, который вместе с Тураевым в далеком 1931 году оканчивал училище имени Фрунзе. Все 1930-е годы он прослужил на Тихоокеанском флоте, дослужился до командира бригады подлодок и заместителя начальника штаба флота, но в 1941 году был назначен командиром бригады моряков-тихоокеанцев, брошенной на защиту Ленинграда. В апреле 1942-го бригада принимала участие в неудачном наступлении, в остальное время находилась в обороне. Когда соединение вывели в резерв, Верховского решили вернуть на флот и почему-то назначили на должность командира воюющей бригады подлодок. Не имея опыта руководства корабельным соединением в условиях войны, Верховский совершил немало ошибок и авторитета среди командиров-подводников завоевать не сумел. Напротив, благодаря его «умелому» руководству бригада попала в кризис, который по своим масштабам и глубине можно было сравнить разве что с кризисом осени 1941 года.
Все началось с того, что при попытке перейти из Ленинграда в Кронштадт в ночь на 1 мая погибла подлодка Щ-323. Произошло это по вине командования – лодке приказали идти головной, в то время как на ней не было плана перехода и координат протраленных фарватеров. В точке поворота с одного фарватера на другой должен был стоять буксир, но из-за плохой видимости до назначенного места он не дошел. Все это привело к тому, что «щука» вышла за пределы протраленной полосы и подорвалась на донной мине. Она затонула на глубине 7 метров, что давало надежду на спасение тем подводникам, которые не погибли при взрыве. Люди стали выходить на поверхность через кормовые торпедные аппараты, но наверху их никто не встречал – опасаясь немецких береговых батарей, расположенных на южном побережье залива, командование с рассветом поспешило отозвать все корабли, обеспечивавшие переход в Ленинград. Из затонувшей лодки вышло одиннадцать человек, которым не оставалось ничего другого, как, держась за выступающие из воды части корабля, ждать вечера. В результате удалось спасти только двоих – остальные погибли от переохлаждения или от осколков вражеских снарядов. Этот случай словно стал сигналом к тому, чтобы моряки вспомнили о тяжелейших потерях третьего эшелона 1942 года и обрушились с ожесточенной критикой на командование флота и бригады, которые, как считали многие, посылают людей на смерть, совершенно не заботясь о них, даже когда это возможно.
Тем временем началось развертывание подводных лодок в море. Первой в боевой поход вышла субмарина Щ-303, которой предстояло провести разведку. Она сразу же попала в тяжелейшие условия – Финский залив патрулировался многочисленными кораблями и самолетами, которые благодаря периоду белых ночей вели поиск советских подлодок круглосуточно. Для того чтобы полностью зарядить батарею, приходилось затрачивать по четыре-пять суток – через каждые полчаса лодке надо было погружаться от очередного охотника, прерывая зарядку. Лишь 19 мая – на восьмые сутки похода – «щука» дошла до меридиана Таллина, но тут, неожиданно для себя, уперлась в противолодочную сеть. Поскольку батарея вновь разрядилась, командир решил отвести лодку немного на восток, где осуществить зарядку и связаться с командованием, которое с нетерпением ждало результатов разведки Щ-303. Увы, из-за помех со стороны вражеских противолодочных сил связаться с базой удалось только 25 мая, а до того момента о состоянии подлодки можно было только догадываться. Отчаявшись ждать, командование послало в море вторую «щуку» – Щ-408. Первое и последнее донесение с нее было получено в ранние часы 22 мая: