По итогам 1941 года «Д-3» заняла первое место по количеству потопленных судов среди советских подводных лодок (7 транспортов в 36000 тонн). Командир лодки был награжден орденом Красного Знамени, комдив И.А. Колышкин, неоднократно выходивший на «Красногвардейце» в море был первым среди подводников СФ представлен к званию Героя Советского Союза.
21 декабря «Красногвардеец» перешел на мурманский завод наркомата рыбной промышленности, где подводную лодку ждал текущий ремонт.
17 января 1942 г. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 17 января 1942 г. подводная лодка «Д-3» была награждена орденом Красного Знамени.
К началу февраля ремонтные работы были завершены, и лодка вновь вступила в строй. 22 февраля 1942 г. «Красногвардеец» вышел в шестой боевой поход в район Тана-фьорда. Возможность атаковать представилась не сразу. 24 февраля подводная лодка дважды упустила цели. Утром из-за плохой видимости «Д-3» не сумела атаковать неустановленное судно. Днем из- за внезапного изменения курса цели не удалось выпустить торпеду по группе тральщиков или охотников. Днем 27 февраля «Красногвардеец» обнаружил конвой в составе двух транспортов и танкера под охраной трех сторожевиков и тральщика. Подводная лодка не успела выйти на боевой курс, и на глазах командира караван зашел в Мехами. 8 марта 1942 года «Д-3» отозвана из района Тана-фьорда для прикрытия союзного конвоя PQ-12.
Проведя на позиции прикрытия двое суток, 11 марта «Красногвардеец» направился на выручку «Щ-402», которая осталась без топлива у побережья противника. Быстрее всех на помощь «щуке» пришла «К-21», а «Д-3» 13 марта получила приказ следовать на прежнюю позицию в район Тана-фьорда. Днем 14 марта восточнее Гамвика подводная лодка двумя торпедами атаковала транспорт из состава конвоя. Спустя минуту был зафиксирован взрыв. Барражировавшая над конвоем летающая лодка обнаружила присутствие «Д-3» и сбросил на нее три бомбы. Обнаруженная подводная лодка подверглась двухчасовому преследованию охотников, которые сбросили на субмарину 34 глубинных бомбы, от близких разрывов которых на «Д-3» получил повреждения. К счастью, вскоре преследование прекратилось. Вечером 14 марта 1942 г. командир лодки получил «добро» на возвращение на базу и 16 марта «Д-3» прибыла в Полярный. Вскоре она встала в Мурманске на ремонт.
Приказом Народного комиссара ВМФ от 3 апреля 1942 г. № 72 за проявленную отвагу в боях за Отечество с немецкими захватчиками, за стойкость, мужество, дисциплину и организованность, за героизм личного состава экипаж «Д-3» был удостоен гвардейского звания.
1 мая 1942 г. «Красногвардеец» вновь вышел на позицию в районе северо-западнее Вардё. На её борту находился начальник штаба бригады подводных лодок СФ капитан 1 ранга Б.И. Скорохватов. Уже вечером 2 мая восточнее мыса Харбакен «Д-3» обнаружила конвой (транспорт, танкер, 4 сторожевых корабля). Лодка выпустила две торпеды по транспорту водоизмещением 6000 т. На лодке слышали взрывы, а спустя 10 минут командир лодки в перископ наблюдал судно с креном на правый борт и дифферентом на нос.
Следующая атака «Красногвардейца» состоялась 16 мая у мыса Маккаур. В 11.27 был обнаружен конвой (транспорт, танкер, 6 сторожевых кораблей).
Лодка вышла в атаку, но в 11.50 по характеру маневрирования кораблей противника командир предположил, что лодка обнаружена, и увел ее на глубину 20 м. в 12.17 был обнаружен транспорт, выходивший из Бос-фьорда. «Д-3» с дистанции 12 кбт. произвела по нему трехторпедный залп. По неподтвержденным данным, транспорт был потоплен.
На следующий день восточнее мыса Маккаур «Д-3» атаковала конвой в составе двух транспортов, шедший под довольно сильным эскортом — пять сторожевиков и трех охотников. Лодка вышла в атаку и с дистанции 8 кбт произвела по самому крупному транспорту залп тремя торпедами. Транспорт был поврежден. Группа охотников развернулась для поиска лодки, но он ничего не дал, поэтому бомбометания не было. Тем временем «Д-3» сумела покинуть опасный район. 18 мая подводная лодка прибыла в базу.
В свой последний боевой поход с задачей патрулирования района Тана-фьорда Гвардейская Краснознаменная подводная лодка «Д-3» («Красногвардеец») вышла 10 июня 1942 г. К этому времени лодка имела полностью орденоносный экипаж. Больше «Д-3» на связь не выходила и на базу не вернулась. Скорее всего, подводная лодка подорвалась на мине и погибла со всем экипажем (53 человека) к северу от м. Хьелнес. «Д-3» была первым кораблем ВМФ СССР, добившимся одновременно Гвардейского звания и ставшим Краснознаменным.