Все эти годы Гёте не забывал и о своих обязанностях директора театра. Бывали, разумеется, периоды, когда он меньше занимался им, ибо что-то другое сильнее притягивало его или требовало внимания. Но он всегда чувствовал свою ответственность за театр; впечатляет, с каким чувством понимания составлялся репертуар, всегда строго продуманный и отличающийся жанровым многообразием: от легких развлекательных пьес до серьезных музыкальных и драматических постановок. Прочное место в нем занимали оперы Моцарта. 13 октября 1791 года здесь впервые была поставлена опера «Похищение из Сераля», созданная Моцартом еще в 1782 году и поначалу не произведшая впечатления на Гёте. В сравнении с этим произведением оказались столь ничтожными его собственные усилия по созданию зингшпиля в содружестве с композиторами Кайзером и Рейхардтом; перед «Похищением из Сераля» «все померкло». Имеются подписанные Гёте подробные указания, касающиеся режиссуры «Дон Жуана» (первая постановка в Веймаре была осуществлена 30 января 1792 года). «Свадьба Фигаро» впервые была здесь поставлена 24 октября 1793 года, «Волшебная флейта» — 1 февраля 1794 года; 10 января 1797 года состоялась премьера оперы «Так поступают все женщины», в 1799 году — «Милосердие Тита». Поистине впечатляющий цикл моцартовских вещей, поставленных еще при жизни композитора и в первые годы после смерти! В период с 1794 года по 1817 год состоялось 82 представления оперы «Волшебная флейта»; 6 апреля 1799 года Кристиана, страстно любившая театр, слушала ее в тридцатый раз.
В 1795 году Гёте даже взялся писать продолжение: «Волшебная флейта. 2-я часть». Но в течение ближайших лет он смог только завершить первый акт и едва приступил к написанию второго. Тем не менее он опубликовал фрагмент в 1802 году книжкой карманного формата в память о Моцарте. Может быть, он уже видел, что символику «Волшебной флейты» невозможно разработать дальше, а может быть, в его воображении вырисовывалась основная символика «Фауста», и это оттеснило «Волшебную флейту» на задний план. Предлагая либретто второй части венскому композитору Павлу Враницкому, Гёте так обрисовал свой замысел: «Я пытался предоставить самые широкие возможности для композитора и перепробовать все формы поэтического выражения — от самого высокого чувства до самой легкой шутки» (24 января 1796 г.); можно было бы, продолжал он, «имея уже перед собой образец первой пьесы, в меру усилить ситуации и узловые моменты». Все это содержится в гётевском фрагменте: разнообразие текстовых форм, беспечная веселость Папагено и Папагены, сцена, которая дословным сходством, чуть ли не пародируя, намекает на либретто Шиканедера в моцартовской опере, строгость Памины и Тамино, тревожащихся о своем ребенке, злое коварство и мстительность Царицы ночи и Моностатоса, спокойное достоинство в царстве Зарастро. Желание Гёте «усилить» ситуации и узловые моменты означало более отчетливой сделать в «Волшебной флейте» расстановку сил, полностью исчерпать символику образов и рельефнее высветить событие в опере Моцарта; это значило также присоединить к тексту Шиканедера, который не представлял самостоятельной литературной ценности и мог существовать только как положенный на музыку, текст, обладающий большими литературными достоинствами.
Новое действие строилось на развитии мотива неудавшейся попытки мести. Добро и зло здесь резко противопоставлены друг другу. Ребенок Памины и Тамино похищен Моностатосом и его приспешниками; его скрывают в гробу. Папагено и Папагена, огорченные исчезновением ребенка, обретают наконец свое дитя в забавной для зрителей сказочной игре. Вообще все здесь представлено в более сказочном виде, в более проникновенных речевых диалогах в сравнении с оперой; а в конце действия из ящика, в который превратился гроб, восстает «гений»:
Этот конец напоминает сцену с Эвфорионом из второй части «Фауста». Возможно, это Поэзия, которую должен символизировать гений, ребенок Памины и Тамино, выдержавших все испытания. Подвергшаяся опасности, она возносится потом все-таки примирительно над всеми противоречиями. Вполне возможно, что «Волшебная флейта. 2-я часть» в завершенном виде должна была воплощать то, что афористически сформулировано в «Паралипоменах»: «Любовь и воля человека сильней любого волшебства».