Описанной выше системе судов были подведомственны большинство гражданских и уголовных дел. Помимо этого существовало большое количество специальных судов, которые занимались либо делами определенного типа, обычно административными, либо теми делами, в которых одна сторона, чаще всего ответчик, принадлежала к определенной социальной группе или классу. Происхождение большинства из этих судов было связано с двумя принципами, давно укоренившимися в римском обществе: магистрат обладает, во-первых, административной юрисдикцией в делах, входящих в круг его ведомственных обязанностей, и во-вторых, дисциплинарной юрисдикцией над своими подчиненными, чиновниками или солдатами. В IV веке рамки узконаправленной юрисдикции имели тенденцию расширяться за счет обычных судов, в результате чего возникало много конфликтов. В римском законодательстве существовало правило подсудное™ дела по месту совершения, которое гласило, что истец или обвинитель имеет право возбуждать дело против ответчика или обвиняемого только в суде района, где постоянно проживает последний. Из этого правила было несколько исключений: так, например, в случаях уголовных преступлений истец мог возбудить дело в суде того района, где было совершено преступление. Некоторые дела, находившиеся под специальной юрисдикцией, должны были слушаться в ведомственных судах, а некоторые категории привилегированных лиц могли претендовать на рассмотрение их дел специальными судьями.
Основными группами ведомственных судов были largitiones и res privata. Не только comités двух финансовых ведомств, но и rationales в провинциях имели свои собственные суды, которые рассматривали различные финансовые нарушения. Границы юрисдикции судов были неопределенными и неустойчивыми. К примеру, апелляции от rationales должны были сначала передаваться обычным апелляционным судьям, а только затем comes sacrarum largitionum и rei privatae. Вопросы, связанные с переходом собственности к короне или наоборот, могли решаться в суде провинциальных правителей, но также могли слушаться и comes rei privatae, который затем переправлял их своим rationales. Res privatâ также требовали юрисдикции в решении дел, где ответчиками выступали их арендаторы и низшие чиновники, прокураторы и actores. Остальные административные суды отличались гораздо меньшей значимостью. Praegecti annonae рассматривали споры о распределении провизии в Риме и Константинополе, оспариваемое членство в гильдии пекарей и судебные тяжбы грузоотправителей по поводу потери зерна при кораблекрушениях. Префект Константинополя обладал исключительным правом решения дел по вопросам строительства.
Дисциплинарная юрисдикция магистратов над своими подданными с IV века постепенно расширялась, пока не охватила все случаи, гражданские и уголовные, в которых чиновники или солдаты выступали ответчиками, а иногда даже те дела, в которых они были истцами. Политика правительства в этой области была неопределенной. Иногда в интересах простых граждан правительство все же ограничивало рамки специальной юрисдикции. Иногда, наоборот, укрепляло ее на основании того, что солдаты и гражданские служащие не должны были отвлекаться от выполнения своих непосредственных обязанностей для того, чтобы посещать другие суды. Военные начальники и главы ведомств боролись за расширение специальной юрисдикции, которая могла укрепить их авторитет и была выгодна для них с точки зрения получения вознаграждений и взяток. Сами солдаты и гражданские служащие предпочитали общую юрисдикцию, так как обычные суды зачастую были не в состоянии вынести решение против солдата или даже просто вызвать его в суд.
Несмотря на осуждение со стороны правительства, существовала тенденция к разрешению в военных судах споров, обеими сторонами которых были гражданские лица. Это объяснялось тем, что решения военных судов были более эффективными.
Трудно проследить развитие института специальной юрисдикции. Изменения вносились императорскими конституциями, а иногда происходили спонтанно, за счет самовольного расширения полномочий должностных лиц.
Право солдат на рассмотрение гражданских дел с их участием в военных судах закреплялось законом 413 года. Limitanei представали перед судом своих duces, а их апелляции сначала отправлялись magistri militum, затем начальнику ведомств, как главному инспектору пограничных армий. Comitatenses обычно попадали под суд magistri militum, но Анастасий издал указ, что люди, входившие в состав каких-либо объединении, имеющих отношение к пограничным армиям, должны были подчиняться суду dux района.