Верховные суды преторианских префектов и императоров были, судя по огромному количеству направлявшихся в них апелляций, в большем почете. По традиции, заведенной еще Августом, император должен был лично заниматься судопроизводством. Нам известно, что императоры, вплоть до Юстиниана, были заняты слушанием дел и вынесением решений. Груз был непосильным для одного человека. И в 440 году Феодосий II издал указ, по которому апелляции от промежуточных апелляционных судей, проконсулов и наместников должны были прежде направляться преторианскому префекту Востока и квестору, которые заседали совместно. Тем не менее апелляции от выдающихся судей и supplicationes по поводу решений преторианских префектов все еще направлялись самому императору. Император и его представители во время слушания дел заседали в консистории. При этом мог присутствовать любой член консистории, но во время судебных заседаний первостепенную роль, без сомнения, играли министры юстиции, magistri scriniorum и юристы comités consistoriani. Это были, как правило, ушедшие в отставку барристеры верховного суда преторианской префектуры. На Востоке император иногда заседал с сенатом, а Юстиниан даже взял это за правило.
Если рассмотрение гражданских дел в большей степени подвергалось влиянию коррупции, то решение уголовных дел отличалось неэффективностью и жестокостью, особенно для низших слоев humiliores. Хотя в городах были свои ночные сторожа, a ri parii и eirenarchs поддерживали порядок в сельской местности, полиции в современном смысле слова (т. е. учреждения, занимавшиеся обнаружением и расследованием преступлений) не было. Эти функции возлагались на пострадавшую сторону или на частных информаторов, которые могли привлечь к суду подозреваемых лиц. В случае победы на процессе информаторы получали вознаграждение, а в случае ошибки — подвергались наказанию. Арестованный подозреваемый мог месяцами томиться в тюрьме, умирая от голода, если у него не было друзей или родственников, которые его подкармливали, в ожидании, когда правитель провинции найдет свободное время для слушания его дела. Любаний упоминает о том, как несколько сельских жителей, подозреваемых в убийстве землевладельца, семь месяцев ожидали слушания дела. После этого слушание опять отложили и пятеро из семи подозреваемых умерли в тюрьме, а случай все еще не был рассмотрен. Предпринимались попытки избежать подобных злоупотреблений. Гонорий приказал правителям каждое воскресенье проводить осмотр заключенных, выслушивать их жалобы и раздавать пайки тем, кто сильно в них нуждался. Кроме того, их под конвоем водили в бани. Юстиниан ограничил период пребывания заключенных в тюрьме в ожидании слушания дела до шести месяцев, в некоторых случаях — до года, и разрешил отпускать арестованных под залог.
Когда дело, наконец, доходило до суда, никто не занимался тщательным изучением доказательств. Константин запретил судьям выносить смертный приговор, если только показания свидетелей не будут однозначно совпадать или преступник сам не признается в преступлении. В результате судьи часто прибегали к пыткам, когда свидетелями или арестованными были humiliores, для того, чтобы получить одинаковое показания или, еще лучше, признание. Иероним рассказывает страшную историю о мужчине и женщине, обвиненных в прелюбодеянии. Мужчина под пытками признался, а судья, воодушевленный этим частичным успехом, подвергал пыткам женщину до тех пор, пока она не умерла.