В Москве события развивались еще более бурно. Очевидец событий шведский комиссар А. Эбере рассказывает, что народ ворвался в дома В. Шорина, С. Задорина; все в них было разграблено; восставшие (в погроме участвовало несколько тысяч человек) наводили ужас в городе; этим объяснялось продолжавшееся бездействие московских властей. Эбере добавляет, что у домов всех «знатных», против которых был направлен гнев восставших, поставили стражу. Из следственных материалов известно, что было арестовано более 225 «грабельщиков». Из них 18 человек были повешены 26 июля. Это, несомненно, наиболее активные участники погромов в Москве. Среди них — восемь посадских людей, пять служилых людей, два холопа и др.
Погромы продолжались до ухода новой партии восставших из Москвы в Коломенское с сыном В. Шорина. Во время погрома двора Шориных восставшие, очевидно, искали обоих «изменников» — отца и сына. Но В. Шорин спрятался в Кремле на дворе Черкасских. Борис, переодевшись в крестьянское платье, «побежал с Москвы в телеге»; его поймали в четвертом часу дня, т. е. между 7:30 и 8:30 часами утра, вскоре после ухода первой партии восставших в Коломенское. Б. Шорина привели в Кремль «ко Мстиславскому двору», где восставшие, не встречая противодействия властей, очевидно допрашивали молодого Шорина и «научили говорить, чтоб он сказывал, что отец его побежал в Польшу вчерашнего дня з боярскими листами». Восставшие после чтения прокламации были уверены в «измене» В. Шорина и его бегстве в Польшу, так как его не было дома во время погрома, а сын собирался бежать неизвестно куда. В Кремле собралось «воров болши 5000 человек», они вместе с Б. Шориным, свидетелем «измены» отца, направились в Коломенское. Восставшие, возбужденные «подтверждением» слухов об «измене», «бежали в Коломенское и говорили: повели де Васильева сына Шорина и с ним де сказывали письмо воровское». В городе снова начали бить в набаты. Встреча двух партий восставших (одна шла в Коломенское из Москвы, другая — из Коломенского в Москву) произошла где-то на полпути между столицей и царской резиденцией. Общая численность восставших почти удвоилась, хотя часть из первой партии уже отстала от движения и возвратилась в Москву. Огромная толпа снова заполнила площадь коломенского дворца, среди них по-прежнему были солдаты полка.
После прекращения погромов «бояре Москву велели запереть по всем воротам кругом», чтобы никого не впускать и не выпускать из города.
По свидетельству источников, повстанцы во время второго прихода в Коломенское снова пришли «к царю на двор силно». Здесь снова происходили какие-то переговоры бояр с восставшими («бояре выходили на улицу»). Однако переговоры не дали результатов, участники «гиля» «сердито и невежливо» разговаривали с Алексеем Михайловичем. Перепуганный Б. В. Шорин подтвердил слова восставших, будто его отец «побежал в Польшу с боярскими листами». Восставшие решительно потребовали выдать бояр «для убийства», царь «отговаривался» тем, что он едет для сыска в Москву. В ответ из толпы раздались крики, грозившие самочинной расправой с «изменниками», не считаясь с волей царя: «Будет он добром им тех бояр не отдаст, и они у него учнут имать сами по своему обычаю». Восставшие, очевидно, собирались перейти к действиям. Солдаты полка А. Шепелева в это время расправлялись со своими начальными людьми, некоторых из них «били» и «в воду вогнали». Обстановка становилась крайне напряженной для царя и его окружения.
К этому времени в Коломенское и вокруг него стянули большое количество войск, придворных и их холопов; их общее число составляло не менее 6–7 тыс. человек, возможно, даже больше, до 8-10 тыс. Собранных сил было вполне достаточно для расправы с повстанцами. Алексей Михайлович резко изменил тон и вместо продолжения разговоров с ними «тихим обычаем» дал сигнал начать резню. Восставших убивали и ловили в Коломенском, его окрестностях, на всех дорогах между селом и столицей, под стенами Земляного города. Атмосфера расправы хорошо передается в сообщениях современников. По Котошихину, «царь, видя их злой умысел, что пришли не по добро и говорят невежливо, з грозами, и проведав, что стрелцы к нему на помочь в село пришли, закричал и велел… тех людей бити и рубити до смерти и живых ловити. И как почали их бить…. почали бегать и топитися в Москву реку…». Собакин говорит, что после того, как восставшие «указу великого государя учинилися непослушны», Алексей Михайлович велел их «имать и вязать и сажать в столовую избу, а иных велел побивать до смерти», «сечь и рубить их без милости, имавши их, вешать». В результате расправы «многих черных людей и бунтовщиков и всяких вольных людей в селе Коломенском побили и перевешали». Солдат полка А. Шепелева, участвовавших в восстании, царь «велел тоже рубить до смерти и, имавши, вешать и в реках топить и в болотах безо всякия милости и пощады».