В последние годы осады в монастыре среди его защитников начались раздоры. По мере того, как осада затягивалась, начал замечаться союз между наиболее фанатичными противниками новых книг и политическими радикалами из среды мирян, пришедших на помощь монастырю. По некоторым донесениям часть разинцев после разгрома основных сил казачьего восстания в 1670 году проникла в монастырь и призывала монахов «стоять и биться против государевых людей за воров, за сотников и помереть всем заодно».
Никанор и служка Федюшка Бородин стали с 1674 года вдохновителями сопротивления. Несмотря на все попытки царских войск Мещеринова овладеть монастырем, братия и мирские ее сторонники отбивали правительственные отряды. Зима 1675–1676 года была наиболее тяжелой для Соловков, так как теперь осада уже не прерывалась и сообщения с внешним миром были почти что совершенно отрезаны. Правда, большой штурм 23 декабря 1675 года был отбит, но настроение осажденных падало. В январе перебежавший из монастыря к осаждавшим войскам монах Феоктист указал Мещеринову на существование неохраняемого ночью тайного пути в монастырь. Ночью 22 января 1676 года стрельцы проникли через этот тайный путь внутрь монастырских укреплений и открыли ворота войскам. Защитники старообрядческой твердыни проснулись слишком поздно и были почти все перебиты. Никанор и вождь мирян, видимо разиновец, казак Самко были повешены. Перед казнью Никанор, по данным С. Денисова, смело заявил воеводе: «Не боюсь я тебя, ибо и самодержца душу в руце своей имею». Немало и других защитников Соловков погибло в страшных мучениях от рук палачей.
Почти что десятилетнее стояние Соловков за старую русскую веру произвело очень сильное впечатление на всю Россию и особенно на преданное традиции население Севера и Востока России. Еще в середине XIX века на Севере и среди казаков продолжали петь песни о Соловецком стоянии. Действительно, в умах людей старой веры осада Соловков была ничем иным, как лишним проявлением попыток епископов и царя ввести в России вместо древлего православия новую, наполовину греческую, наполовину латинскую веру. Поэтому на Севере России, где падение обители тяжело переживалось большинством населения, оно вызвало большое религиозное напряжение и большую злобу против людей нового обряда. Кроме того, немало соловецких монахов, успевших оставить монастырь до его падения сыграли значительную роль в религиозной радикализации Поморья. Спасшиеся при разгроме монастыря и разбредшиеся по Северу монахи, как, например, старцы Игнатий, Савватий, Евфимий, Иосаф и другие, составили в Поморье наиболее упорные кадры распространителей старой веры. Некоторые из них стали проповедниками самосжигания.
Религиозная радикализация беломорских областей, происходившая с одновременным ростом противоправительственных настроений, началась уже во время Соловецкой осады. «Воры, сотник Исачко Воронин, да кемлянин Самко Васильев», по-видимому, бывшие участники разинского восстания, проникшие в монастырь еще до начала его блокады Мещериновым, «про великого государя говорят такие слова, что не только писать, но и помыслить страшно», — показывал один из перебежчиков. Эти «воры» запрещали молиться за царя, выскребли из церковных списков имена всех членов царской семьи и постоянно заявляли, что они против царской власти. «Не восхотиша благочестивого царя себе в государях иметь». Эти же мятежники, а с ними и некоторые монахи начали проклинать всех священников, называли их еретиками, не приходили на исповедь и к причастию, и вместо этого исповедовались один у другого. Многие вообще отказывались ходить в церковь, когда там служили священники. Никанор, хотя и был архимандритом, сам поддерживал этих «воров» в их противосвященнических настроениях и говаривал: «Мы-де и без священников проживем, а в церкви-де часы сами станем говорить, а священники нам не нужны».
Одним из важных районов для постоянного или временного исхода из Москвы, видимо, было Пошехонье, область к северу от Волги в пределах бывшей Костромской губернии. В 70-х и начале 80-х годов Пошехонье стало одним из главных районов распространения гарей. Евфросин говорит о четырех или даже пяти тысячах погибших в Пошехонье на кострах самосжигателей только в 1670-х и 1680-х, а возможно, даже уже и в 1660-х годах. Наоборот, другой современник этих гарей, старец Игнатий, рассказывал Дмитрию Ростовскому, что к началу 1680-х годов было «всего» 1920 жертв. Пошехонье было всегда одним из наиболее отсталых и заброшенных районов в Средней России, и здесь уже в 1630-х годах старец Капитон начал свою проповедь радикальной аскезы. Его ученики могли легко скрываться в пошехонских дебрях, и сведения об их проповеди с трудом доходили до Москвы. Не менее энергично, чем в Пошехонье, пропаганда самосожжения и религиозного радикализма велась в Вязниковских лесах. Здесь заправилами гарей эсхатологического миссионерства были прежние ученики Капитона, оставшиеся на свободе после «похода» 1666 года.