Зима 1669–1670 годов была очень неспокойной. На Дону волновались голутвенные казаки, которые готовились к большой войне против московского правительства. Дела в Малороссии принимали все более сложный характер, и на ее границах под главенством Дорошенко сосредоточивались большие силы крымских татар и запорожских казаков, занявших недружелюбную России позицию. Переговоры с Польшей и Швецией о вечном мире, который уже давно должен был быть заключен, бесконечно затягивались. Немудрено, что подобные условия подсказали московскому правительству мысль о необходимости навести порядок внутри самой столицы и показать свою решимость в отношении все еще не смирявшихся церковных мятежников. Письма, челобитные и трактаты, которые посылали из Пустозерска тамошние узники, затягивавшаяся блокада Соловецкой обители и наконец страстная пропаганда Авраамия, проповедовавшего, что все власти попали под влияние Антихриста, показывали, что активность церковной оппозиции делается все более и более опасной для спокойствия страны.
Первой жертвой этой новой «чистки» стал апокалиптический проповедник Авраамий. При аресте в ночь с 13 на 14 февраля 1670 г. у этого юродивого поэта и агитатора нашлись писания игумена Феоктиста, игумена Антония и Неронова и недавно полученные из Пустозерска письма Аввакума и Феодора. Для пресечения сношений пустозерского центра с Москвой и особенно с начавшим волноваться Доном на Север для соответствующих увещеваний и наказаний был послан стрелецкий полуголова Иван Елагин. Прибыв в Пустозерск, стрелецкий полуголова потребовал, чтобы все четыре ссыльных приняли трехперстное крестное знамение, новый символ веры и другие обрядовые новшества. Не сдавшиеся на увещевания собора пустозерцы, конечно, не реагировали и на аргументы и угрозы Елагина. Тогда Елагин «взял из тюрьми протопопа Аввакума, попа Лазаря, дьякона Федора и старца Епифания и шли они до уреченного места на посечение, где плаха лежит и мучительная вся готова, и палачь готовитца для поселения их. Они же никако не унывше, вкупе народ благословляли и прощались, светлым лицом, веселы в своем благочестии непоколебимо стояли и за отеческое предание смерть приимали, а к народам говорили: не прельщайтесь Никоновым учением! За истину страждем и умираем!» Но на этот раз им еще не пришлось умереть. Аввакум был снова пощажен, а Епифанию, Лазарю и Феодору полуголова приказал «за их речи языки резать, а за крест руки сечь».
«Пустозерская казнь» совпала с развитием больших событий на юге и юго-востоке России. Уже с 1667 года, когда Стенька Разин покинул Дон и основал на северном берегу Каспийского моря казачий городок-базу для налетов на Персию, вся юго-восточная русская украина глухо волновалась. В конце 1669 года Разин вернулся на Дон, захватил там власть, а весной двинулся в новый большой поход, но на этот раз не на персиан, а на бояр и помещиков всея Руси. Как раз накануне «пустозерской казни», 13 апреля 1670 года, его войска взяли Царицын, а летом и осенью бунт разлился от Воронежа до Камы и от Астрахани до Лыскова у Нижнего Новгорода, где когда-то Аввакум служил священником. В сентябре пали Саранск и Пенза, и мятеж, казалось, переливался из казачьих украин в самый центр Московского государства. Но занявшись грабежом Астрахани, казаки Разина упустили время, и после их первых успехов пришли поражения. Социальный мятеж скоро остался без главарей — опытные и энергичные воеводы князь Юрий Алексеевич Долгорукий и князь Юрий Никитич Барятинский разбили главные силы разинцев, а 14 апреля следующего 1671 года сам Разин был схвачен домовитыми казаками и выдан на казнь в Москву. Пламя крестьянского и инородческого пожара пылало еще сравнительно долго, и воеводам и правительству пришлось применить самые жестокие меры, чтобы приостановить эту попытку расправы с правящим классом.