Само разинское движение было религиозно нейтрально. Часть старообрядцев поддержала Разина, и к нему примкнуло немало священников, недовольных и обрядом, и властями, и епископатом. Так, например, склонный к старой вере поп Никифор Иванов все время сопутствовал самому Разину. Некий поп Савва оперировал во главе повстанческих отрядов. Во многих селах и городах священники встречали повстанцев с иконами и колокольным звоном. Однако несмотря на свое паломничество в Соловецкий монастырь, сам Степан Разин был довольно безразличен к церковным, да и вообще религиозным вопросам и был настроен скорее антиклерикально, почему его трудно подозревать в склонности к «старой» или «новой» вере. Недаром, как после подавления восстания показывал атаман донских казаков Михаил Самаренин, Разин советовал своим казакам не строить церквей, не ходить на церковные богослужения и велел им вместо церковной свадьбы «венчатца около вербы». Во всяком случае при подавлении разинского бунта и последующей чистке бунтовавших областей, правительственные войска и их начальники расправлялись со всеми подозрительными им элементами, и тысячи и даже десятки тысяч виновных и невинных людей погибли от меча, виселиц и огня карательных отрядов. После их усердной работы в одном из нижегородских уездов число домов-хозяйств уменьшилось на 10000, а число официально казненных достигало 11000. Многие предпочитали скорее сжечься сами, избегая одновременно и палачей, и антихриста, чем подвергнуться пыткам и мучениям.
На связь нижегородских гарей с казнями указывал и Аввакум в своей «Книге Бесед», написанной вскоре после этих ужасных событий и во всяком случае не позднее 1675 года: «А по Волге той живущих во градех, и в селех, и в деревенках тысяща тысящими положено под мечь, нехотящих принять печати антихристовы. А иные ревнители закона суть, уразумевше лесть отступления, да не погибнут зле духом своим, собирающеся во дворы з женами и детьми и сожигахуся огнем своею волею».
Другие старообрядческие материалы тоже говорят о происходивших в это время гарях и насчитывают до 2000 добровольно сгоревших человек в районе Нижнего Новгорода, особенно по реке Кудме, на берегах которой родился и Аввакум. Немало последователей Капитона и его учеников кончали жизнь добровольным голодом — так в это время оба способа «самоубийственных смертей» были еще одинаково популярны среди «непокорников», убегавших от Антихриста и царских воевод. «В нижнегородской области многие бо тысячи огнем во овинах и избах сгореша, в луговой стороне в морильнях от своих учителей закрыты померли», — сообщал Фролов. Правительственные сообщения, к сожалению, подтверждают эти рассказы старообрядческих писателей. «В том же году, в Нижегородском Закудемском стану во многих селах и деревнях крестьяне к Божьим церквям не приходили и пенье церковное и таинств не принимали, и во всем от раскольников розвращалися, и многие по прелести их с женами и детьми на овинах пожигалися», — доносили царские власти с Волги.
Волна расправы со всеми противостоящими властям и церкви мятежниками и недовольными захватила также и Москву и другие оставшиеся в стороне от Разиновщины города. Дворецкий боярина Салтыкова, некий Исайя, был сожжен, а с ним, по всей вероятности, пострадали и другие менее известные старообрядцы. Молодой князь Иван Хованский был бит батогами. Старец Авраамий после долгих попыток духовенства во главе с митрополитом Павлом переубедить его был 13 августа 1670 г. расстрижен, брошен в новую гражданскую тюрьму и зимой 1671–1672 годов сожжен. В это время власти, по словам Аввакума, «и иных поборников Христовых, многое множество погубили». Имена многих из них сообщает он сам: «На Кольском полуострове рассекли на пятеро соловецкого старца Иону, который проповедовал в Поморье; в Киеве сожгли стрельца Илариона; в Нижнем Новгороде одного и в Казани тридцать человек; в Холмогорах был сожжен юродивый Иван, во Владимире шесть». Сосланный в Печенгский монастырь за обличения царя Иван Красулин был сожжен в 1671 году. В июне того же года был обезглавлен соловецкий дьячок Иван Захаров.
Начатая в 1668 году блокада Соловецкого монастыря была не эффективна, и поэтому правительство неоднократно обращалось к монастырю с предложением прощения, если он покорится и примет новую веру. Но братия каждый раз с негодованием отвергала предложения правительства. Население берегов Белого моря, вполне сочувственно относившееся к защитникам монастыря, снабжало монахов дополнительными, к имевшимся уже в обители на складах, запасами продовольствия, по преимуществу рыбой и овощами. Только весной 1674 года А.И. Мещеринов, сменивший полковника Клементия Евлева, второго командира блокировавших монастырь войск, высадил свои войска на главном острове архипелага и начал регулярную осаду крепости. Вокруг монастырских стен были построены бастионы и окопы и установлены стенобитные орудия.