27 мая 1942 года в Праге было совершено покушение на Гейдриха. После этого Карл Гебхардт провел несколько операций, но они были безуспешными. 4 июня 1942 года Гейдрих скончался. После его смерти Гиммлер, с одной стороны, потерял ближайшего и энергичного сотрудника, а с другой – освободился от тяготившего его влияния начальника СД и конкурента. В этих условиях Гиммлер решил не назначать нового начальника СД и полиции безопасности. 28 мая 1942 года Гиммлер объявил высокопоставленным эсэсовцам, что принимает на себя исполнение обязанностей начальника Главного управления имперской безопасности, которое на тот момент включало в себя полицию безопасности, СД, гестапо и уголовную полицию. Одновременно с этим Гиммлер вызвал из Вены группенфюрера СС Кальтенбруннера, которого назначил своим постоянным заместителем в РСХА. Только 30 января 1943 года Кальтенбруннер был официально назначен главой полиции безопасности и СД. Гиммлер же предпочел сохранить за собой непосредственное руководство гестапо и уголовной полицией.
Смерть Гейдриха, кроме всего прочего, привела к тому, что Гиммлеру пришлось лично курировать программу по уничтожению евреев. В это время с восточных оккупированных территорий в Терезиенштадт, превратившийся в одно большое гетто, было вывезено около 45 тысяч евреев. Однако проблемы с транспортировкой подтолкнули Гиммлера к идее, что евреев из Западной Европы («с целью производительного труда») надо было депортировать в Освенцим. По распоряжению рейхсфюрера СС специалисты «еврейского реферата» составили разнарядку. 11 июня 1942 года было предписано депортировать 15 тысяч евреев из Голландии, 10 тысяч из Бельгии, 100 тысяч из Франции. Поскольку не менее 10 % из них были отнесены к категории нетрудоспособных, то Гиммлер разрешил осуществить в их отношении «специальные мероприятия». На практике это означало, что они должны были быть уничтожены сразу же по прибытии в Освенцим.
Однако «окончательное решение еврейского вопроса» было отнюдь не единственной проблемой, которая беспокоила Гиммлера в 1942 году. После того как в ноябре 1942 года в Северной Африке высадились части западных союзников, рейхсфюреру СС потребовалось предпринять особые меры в Южной Европе, которая стала считаться опасной зоной. Происходит оккупация находившейся в относительно свободном положении Южной Франции. Гиммлер ставит задачу «очистить» всю французскую территорию от «врагов рейха». Он намекает на то, что режим Виши до этого момента осуществлял не слишком последовательный террор. Естественно, планы по созданию Великогерманского рейха, которые еще некоторе время назад вынашивал Гиммлер, должны были отступить на второй план. Поскольку положение на фронтах позволяло говорить Гиммлеру о возрастающей «внешней угрозе», он считал необходимым гарантировать безопасность внутри рейха, что предполагало устранение всеми доступными средствами на подконтрольных Германии территориях действительных и воображаемых противников. Если в Западной Европе это вылилось в уничтожение очагов антифашистского сопротивления и новый виток программы «окончательного решения еврейского вопроса», то в Восточной Европе акцент был сделан на «борьбе с бандитами».
К началу 1943 года Гиммлеру удалось сосредоточить в своих руках всевозможные средства, позволявшие ему не только сохранить, но и усилить личную власть. Кроме всего прочего, он решил увеличить численность частей Ваффен-СС за счет привлечения «инонациональных добровольцев». Будучи назначенным на пост Имперского министра внутренних дел, Гиммлер становится ответственным за всю внутреннюю политику. Также он оказался причастным к осуществлению программы вооружений, курируя проект по созданию реактивных ракет. Расширение сфер деятельности, к которым был привлечен Гиммлер, неизменно вело к тому, что он переставал восприниматься исключительно как глава безжалостного террористического аппарата. Однако это отнюдь не означало, что сам террор внутри Германии и на оккупированных территориях пошел на спад. Так, например, когда немецкие войска заняли Южную Францию, то Гиммлер вызвал к себе командира полиции безопасности на французских территориях штандартенфюрера СС Гельмута Кнохена. Рейхсфюрер СС потребовал «ежедневно предоставлять отчеты о том, сколько было проведено арестов политически опасных элементов».