Как и всегда, когда Гиммлер планировал расширить свои полномочия, он обратился к Гитлеру. 10 декабря 1942 года он доложил фюреру о том, что на территории Франции надо было проводить самую радикальную политику. Свое требование Гиммлер обосновывал следующими сведениями. «В настоящее время на территории ранее свободной Франции находится как минимум полтора миллиона смертельных врагов рейха и стран “оси”». Из них: 600–700 тысяч евреев, 500–600 тысяч итальянцев-антифашистов, 300–400 тысяч «красных испанцев», около 20 тысяч англосаксов, 80 тысяч поляков, некоторое количество греков. Все они могут свободно передвигаться, а значит, представляют существенную угрозу снабжению немецко-итальянских войск, расположенных близ Средиземного моря. К этому числу надо добавить множественное количество враждебно настроенных французов, которые в первую очередь состоят из коммунистов, голлистов и клерикалов». Представленная картина произвела на Гитлера сильное впечатление. После этого он поручил рейхсфюреру СС «упразднить» 600–700 тысяч французских и североафриканских евреев. Все остальные должны были быть арестованы и направлены либо на принудительные работы, либо в концентрационные лагеря.
20 августа 1943 года Гиммлера ожидало новое назначение. Он стал Имперским министром внутренних дел. Геббельс в своем дневнике отмечал, что к этому времени рейхсфюрер СС стал «первостепенной личностью нашего режима». Прежний министр Вильгельм Фрик, который занимал свой пост с 1933 года и одно время являлся конкурентом Гиммлера, должен был довольствоваться представительской должностью имперского протектора Богемии и Моравии. Гитлер, который назначил Гиммлера министром внутренних дел, отнюдь не ожидал, что тот предпримет реформу государственного аппарата или будет заниматься упорядочиванием отношений партийных и государственных органов. Гиммлер всего лишь должен был «более эффективно обеспечивать внутреннюю безопасность рейха», для чего ему и потребовалась новая должность. В те дни Геббельс не без внутренней зависти записал в дневнике: «Вне всякого сомнения, Гиммлер просто предназначен для руководства немецкой внутренней политикой. Во всяком случае, он при любых обстоятельствах может гарантировать внутреннюю безопасность рейха».
Тем не менее Гиммлер сразу же после 26 августа провел несколько изменений в работе министерства внутренних дел. Он разделил все функциональные обязанности на две больших группы. Одна из них получила условное наименование «Внутреннее управление» и подчинялась статс-секретарю Штукарту. Вторая группа именовалась «Здравоохранение». Во главе ее находился статс-секретарь Леонардо Конти. Кроме этого Гиммлер передал задания 4-го отдела министерства, который курировал деятельность занимавшихся народными и земельными исследованиями институтов, Главному управлению СС по вопросам расы и поселений. В то же самое время этот сектор РуСХА курировался специалистами СД, занимавшимися зарубежьем. Рейхсфюрер СС предпринял не просто шаг, который позволял использовать научный и интеллектуальный потенциал этих институтов в шпионских целях, но способствовал складыванию целого направления в национал-социалистической науке. Благодаря этой инициативе воедино оказались собраны такие исследовательские структуры, как «Исследовательское общество по изучению проблем фольксдойче», «Немецкий зарубежный институт», «Ванзейский институт» и т. д. Способности ученых, которые работали в этих структурах, оказались сосредоточены на долгосрочной программе «освоения жизненного пространства».
После своего назначения министром Гиммлер появлялся в здании министерства внутренних дел всего лишь три или четыре раза. Он предпочитал отдавать указания из своего штаба, где за деятельность МВД отвечал референт Гиммлера Рудольф Брандт. По большому счету министерство внутренних дел, которое уже давно утратило контроль над карательным аппаратом, жило своей самостоятельной жизнью, непосредственно подчиняясь распоряжениям статс-секретаря Штукарта. Гиммлер не посещал министерство отнюдь не только потому, что был занят множеством других заданий, но в значительной мере потому, что питал недоверие к государственной бюрократии. Он никогда не скрывал своего презрительного отношения к юристам и чиновникам. Став министром, Гиммлер даже предпринял несколько попыток преодолеть традиционный бюрократический формализм и схематичность действий. Чтобы избавиться от безликости административных распоряжений, рейхсфюрер СС приказал чиновникам собственноручно подписывать подготовленные бумаги и документы. Также Гиммлер высказал идею, что ландраты не должны были сохраняться в одном и том же составе более десяти лет. Кроме этого Гиммлер, пытаясь бороться с коррупцией в органах управления, подписал указ, согласно которому близкие родственники не могли работать в одном и том же органе власти. Однако в небольших городках едва ли можно было выполнить это требование.