Султан Агунг ко времени своей смерти в 1645 г. распространил гегемонию Матарама на всю Яву, за исключением прибрежной зоны Батавии и султаната Бантам на западе острова. Естественно, могущество Матарама потрясло относительно немногих голландских посланников, наносивших визиты во дворец, или тех голландцев, которых держали там в качестве пленников между 1631 и 1651 гг.; однако семена распада были присущи характеру этой мусульманской державы — как и ее индуистской предшественницы, Маджапахита. Система коммуникаций была отвратительной, дорог невероятно мало, да и те становились непригодными в сезон дождей. Все реки центральной части Матарама текли на юг и впадали в Индийский океан, где в то время не существовало гаваней и где лишь изредка плавали хрупкие проа — парусные суда с аутригером — балансиром на наветренном борту. На реках, текущих на север и впадавших в Яванское море, осуществлялись активные водные перевозки, но по большей части они были доступны только в определенное время года, и даже тогда небольшому судну могло потребоваться столько же недель, чтобы идти вверх по течению, сколько дней для спуска вниз. Основные регионы оставались изолированными друг от друга горными хребтами, и до XIX в. не имелось никаких технических средств для преодоления этих естественных преград. Прибрежные султанаты на севере и на востоке, завоеванные Матарамом в 1613–1645 гг., оказались сильно опустошенными войной, а их жители были явно или потенциально настроены против властей. И наконец, несмотря на готовность сусухунана казнить, изгонять или смещать местных правителей, которых он подозревал в измене, те из них, кто находился в удаленных районах, упорно пытались вернуть независимость. Как заметил в 1680 г. Рейклоф ван Гуне: «Яванские правители, особенно те, что находятся далеко или в горных районах, похоже, хотят быть независимыми правителями, и каждый из них притворяется, будто может вести борьбу и обойтись собственными силами».
Попытка Амангкурата I предотвратить неизбежный процесс распада при помощи политики «устрашения», примененной ко всем без разбора принцам крови, к земельной аристократии и правительственным чиновникам, только усугубила недовольство его правлением. Когда правитель острова Мадура по имени Трунаджайя поднял знамя восстания против сусухунана, он получил широкую поддержку. Амангкурат был вынужден бежать из своего дворца и умер по дороге к побережью, после того как в 1677 г. обратился к Голландской Ост-Индской компании с призывом выступить на его стороне. Благодаря массированной интервенции Спелмана и ван Гунса, после жестоких боев и несмотря на серьезное сопротивление, голландцы восстановили последнего наследника сусухунана на троне Матарама. Однако они потребовали высокую цену за свою военную поддержку — в территориальных уступках и торговых привилегиях, — и в дальнейшем взаимоотношения голландцев и Матарама строились на совершенно другой основе. И если в период с 1646 по 1677 г. голландцы признавали притязание сусухунана на главенство над Явой до такой степени, что отправляли в его дворец посольства с грузом ценных подношений — подобно тому, как это было с японскими сёгунами династии Токугава в Эдо (Токио), — то начиная с 1677 г. сусухунан обращался к генерал-губернатору в Батавии не иначе как «покровитель», «отец», а порой даже «дедушка». Более того, голландская интервенция 1677 г. только отсрочила распад державшегося на честном слове государства Матарам. Соперничество всевозможных претендентов на трон и мятежи вассалов против ослабевшей центральной власти в XVIII в. привели к возобновлению споров о престолонаследии, что завершилось в 1755 г. разделением королевства и созданием двух государств (княжеств), Суракарты и Джокьякарты. К тому времени компания расширила свое господство на весь остров и поставила все яванские султанаты в положение подчиненных, то есть вассальных гособразований.