Затем Берия реорганизовал вверенное его попечению ведомство. 15 марта по его предложению Совмин СССР утвердил включение в структуру нового МВД ранее самостоятельных учреждений — Главного управления геодезии и картографии, Управления уполномоченного по охране государственной и военной тайн в печати (т. е. Главлит, попросту — цензура). Одновременно в министерство юстиции был передан ГУЛАГ, а в промышленные и строительные министерства — 13 гигантских хозяйственных управлений, применявших принудительный труд заключенных, в том числе Дальстрой, Спецстрой, Главспецнефтестрой, Гидропроект. Берия, избавляясь от того, чем занималось старое МВД, снимал с себя ответственность за выполнение планов по заготовке древесины, добыче угля и руды, сдаче в срок промышленных объектов, проектированию грандиозных каналов. 19 марта по его представлению секретариат ЦК переутвердил в должностях министрами внутренних дел союзных республик (кроме РСФСР, где такого поста не было) прежних министров госбезопасности, а начальниками управлений МВД по автономным республикам, краям и областям РСФСР — соответствующих начальников управлений МГБ. Берия оставил практически без изменений сложившееся при Игнатьеве руководство местными органами, сделав четыре исключения: назначил, с согласия Хрущева, председательствовавшего на секретариате ЦК, министрами: на Украину — П.Я. Мешика, бывшего заместителя начальника I главного управления при Совете Министров СССР, и в Грузию — В.А. Кокучая; начальниками управлений: по Московской области — П.П. Макарова и по Ленинградской — Н.К. Богданова.
Только теперь у Берии появилась возможность сосредоточиться на главном — борьбе за власть с проведением собственной политической линии. Практикуя начатое в марте прекращение судебно-следственных дел и освобождение из заключения некоторых бывших сотрудников МГБ с их реабилитацией и возвращением им прежних чинов и званий Берия действовал строго выборочно. Он дал свободу и должности на Лубянке Н.А. Эйтингону, Л.Ф. Райхману, Н.Н. Селивановскому, С.Д. Кузьмичеву, М.И. Белкину, также некоторым иным, но только тем, кого хорошо знал по совместной работе и на чью безоговорочную поддержку мог рассчитывать. Однако он оставил в Лефортовской тюрьме Абакумова, а 16 марта отправил туда же М.Д. Рюмина, который способствовал летом 1951 г. падению Абакумова, признававшего над собою лишь власть Сталина.
Рюмин, один из главных инициаторов «дела врачей» Лечсанупра Кремля, был вознесен в конце 1951 г. на должность заместителя министра МГБ СССР, а год спустя, когда он стал ненужным, его отправили старшим контролером в министерство госконтроля. Держа в заключении Абакумова и Рюмина, Берия отстранялся от подозрения в причастности к «делу врачей» (один из них, Я.Г. Этингер, был лично связан с Берией), а также к «мингрельскому делу». 2 апреля он направил Маленкову записку, в которой обвинил С.И. Огольцова (в прошлом заместителя Абакумова) и Цанаву (после войны — министра госбезопасности Белоруссии) в предумышленном убийстве в 1948 г. выдающегося режиссера и актера С.М. Михоэлса, прося согласия на арест и привлечение к уголовной ответственности виновных. И тогда же внес на рассмотрение Президиума ЦК КПСС аналогичный вопрос, основанный на признании Рюмина, который сообщил: дело 28 врачей — сотрудников и консультантов Лечсанупра Кремля, а также 9 человек их семей — русских, евреев, украинцев, обвиненных лично им во вредительстве, шпионаже и террористических действиях, полностью сфальсифицировано и создано искусственно на основе ложных, надуманных сведений или самооговоров.[49]
3 апреля Президиум ЦК КПСС утвердил проект постановления о прекращении «дела врачей», об освобождении и реабилитации привлеченных к следствию по нему и в то же время не отменил прежние решения по данному вопросу, принятые им же 4 декабря 1952 и 9 января 1953 г. Козлом отпущения сделали Рюмина как главного виновника беззакония. С Игнатьевым же как министром, направляющим действия подчиненных и отвечающим за них, поступили так: третьим пунктом того же постановления потребовали от него «объяснения о допущенных министерством государственной безопасности грубейших нарушениях советских законов и фальсификации следственных материалов»; а потом, другим решением, освободили его от обязанностей секретаря ЦК партии.[50]
Теперь Берия освободился от контроля со стороны Маленкова, действовавшего через Игнатьева, предстал перед общественностью как бы поборником справедливости и даже постарался придать своему одиозному министерству более привлекательный вид.