Дальнейший путь Кироса был не менее тернистым. В марте 1605 года он добрался наконец до Лимы, весь в долгах, без единой монеты в кармане, и вынужден был заночевать в какой-то гончарной мастерской. Снова началась упорная борьба. Вице-король Перу, придумывая различные отговорки, пытался уклониться от возложенных на него обязанностей. Дон Фернандо де Кастро, супруг жившей в Перу вдовы Менданьи, опасался, что Кирос поплывет к Соломоновым островам, которые он рассматривал как свое личное владение. Но Кирос уже приобрел богатый опыт в придворных интригах и научился находить тех, кто готов оказать ему содействие.
И вот наконец свершилось.
Корабли, влекомые пассатом, взяли курс на запад. Целых три недели Кирос практически не мог выполнять свои обязанности, так как его свалила тяжелая болезнь с длительными приступами головной боли и судорогами. Едва поправившись, он составил для Торреса обширную инструкцию на все время плавания — невероятное сочетание деловых указаний с чуждыми практической жизни идеализированными наставлениями. Например, он приказал уничтожить все игральные карты. Отныне игра в карты и кости строго запрещалась. Вместо этого матросы должны были чаще и с большим рвением молиться, ибо от этого, по мнению Кироса, зависел успех плавания. Беспощадно карались также ругань и богохульство. Совершившего проступок первый раз не наказывали, если же это повторялось, богохульника заковывали в кандалы. На случай, если корабли потеряют друг друга в океане, было условлено встретиться у острова Санта-Крус [Ндени], находящегося на широте десяти градусов и на расстоянии тысячи восьмисот пятидесяти лиг от Кальяо. (Старое заблуждение — остров Санта-Крус находится почти на девятьсот морских миль дальше к западу.) Кирос настойчиво наставлял капитана «Сан-Педро», как нужно обходиться с чужими народами. Следует прилагать все усилия к сохранению мира, выполнять взятые на себя обязательства и не претендовать на имущество местных жителей, к оружию можно прибегать только в случае крайней необходимости. Кирос взывал также к осмотрительности. На борт кораблей может подняться одновременно только небольшое число островитян, никто не имеет права сходить на берег без оружия, никому нельзя есть фрукты, которые им будут предлагать, ибо местные жители очень коварны. На всех открытых землях необходимо высевать кукурузу, фасоль, лук, хлопчатник; там, где представится возможность, высаживать на берег кроликов, коз, свиней, поскольку будущим мореплавателям они могут пригодиться. И конечно же, Торрес был уполномочен постоянно следить за тем, есть ли у местных жителей золото, серебро, жемчуг и пряности. Этот совет был определенно совершенно излишним, как и указание, что днем Торрес должен ориентироваться по Солнцу, а ночью постоянно наблюдать Южный Крест.