Однако торжество Алкмеонидов было непродолжительно. Уже в следующем году (487—486 гг.) государственное устройство подверглось изменению в демократическом духе. Высшая государственная должность, архонтство, замещалась до сих пор, как мы знаем, путем народных выборов; теперь постановлено было бросать жребий между кандидатами, и этим была уничтожена привилегия, которою до сих пор фактически пользовались знатные фамилии при замещении этой должности. Кажется, Алкмеониды противились этой реформе, которая прямо нарушала их интересы и, без сомнения, была предложена главным образом с целью сломить их влияние в государстве. Но их песня была спета. Весной 486 г. глава этого рода, племянник Клисфена Мегакл, был изгнан остракизмом, а вскоре затем (в 485 или 484 г.) та же участь постигла его шурина Ксантиппа.
Теперь управление государством перешло в руки виновника реформы, Аристида из Алопеки. Молодым человеком он некогда при Клисфене принимал участие в восстании против тиранов; впоследствии он примкнул к Мильтиаду и через год после Марафонской битвы (489—488 гг.) достиг звания первого архонта. Не будучи гениальным ни как государственный деятель, ни как полководец, он, однако, всегда обнаруживал правильное понимание того, что нужно было сделать в данную минуту; главным же образом он был обязан своим политическим значением славе своей непоколебимой справедливости. К нему примкнул Фемистокл из Фреаррии. Он тоже принимал деятельное участие в борьбе с Алкмеонидами, за что последние позже отомстили ему непримиримой враждой. Но он был дальновиднее Аристида. Он понял, что будущность Афин связана с морем и что государство опять должно вступить на путь политики Писистрата. В этом направлении он действовал уже и раньше, будучи первым архонтом; он приступил тогда (в 493—492 гг.) к выполнению плана, задуманного до него Гиппием, — вместо открытого и незащищенного Фалерского рейда обратить в военную гавань превосходную Пирейскую бухту. Но для создания большого флота нужны были очень значительные средства; а восстановленная демократия вовсе не обнаруживала желания рисковать своей популярностью, напрягая податные силы народа. Поэтому сбор поземельной подати, которая взималась во времена тиранов, прекратился; мало того, стали даже делить между гражданами богатые доходы с Лаврийских серебряных рудников.
Между тем, кажется, в 488 г. Афины были вовлечены в войну с соседней Эгиной. Этот небольшой остров, как нам известно, был одним из главных средоточий греческой промышленности и торговли; его флот был самым сильным и многочисленным во всем греческом мире, с тех пор как после изгнания Писистратидов пришло в упадок морское могущество Афин и битва при Ладе сломила морские силы Ионии. Афины давно уже смотрели с беспокойством на усиление соседнего острова, и уже не раз оба государства мерились силами, но победа всегда доставалась эгинцам. Теперь, наконец, внутренние смуты на Эгине, казалось, давали афинянам желанный случай одолеть своих старых врагов.
Эгина еще сохраняла аристократическое устройство, но и здесь была многочисленная партия, стремившаяся к ниспровержению существующего порядка и надеявшаяся достигнуть своей цели с помощью афинской демократии. Однако восстание вспыхнуло раньше, чем пришли афиняне, и было без большого труда подавлено правительством. Афинянам удалось высадить на остров десантный отряд и одержать победу над врагом в открытом поле; но на море эгинцы скоро опять взяли верх, так что афиняне были вынуждены увести свое войско обратно. Война затянулась надолго, нанося тяжелый ущерб афинской торговле, так как эгинцы все время держали в блокаде побережье Аттики.