21 сентября 2000 года. Освобождение строителей гостиницы, захваченных С. Хугаевым и И. Савченко. Поселок Лазаревское Краснодарского края.
19-22 июня 2001 года. Сотрудники «Альфы» участвовали в полномасштабной специальной операции по уничтожению банды одного из наиболее кровавых полевых командиров — Арби Бараева, отличавшегося маниакальной жестокостью и специализировавшегося на похищении людей и работорговле. Станица Ермоловская (Алхан-Кала), Чеченская Республика.
Вторая чеченская кампания:
11 июля 2001 года. Населенный пункт Майртуп Курчалоевского района, Чеченская Республика. Уничтожение одного из ближайших подручных главаря иностранных наемников Хаттаба — полевого командира, уроженца Саудовской Аравии Абу Умара, руководившего в 1990-х годах учебным лагерем по подготовке диверсантов-взрывников на окраине селения Сержень-Юрт.
31 июля 2001 года. Минеральные Воды. Нейтрализация террориста С. Эдиева, захватившего пассажиров автобуса «Икарус», следовавшего рейсом Невинномысск — Ставрополь. Старший — Александр Мирошниченко.
23-26 октября 2002 года. Освобождение вместе с сотрудниками «Вымпела» большого числа заложников, находившихся в здании Театрального центра на Дубровке в руках банды террористов Мовсара Бараева. Москва. Основная группа Абубакара захватила концертный зал и взяла в заложники 916 человек. Целью террористической акции было устрашение населения и оказание воздействия на органы власти Российской Федерации по принятию решения о выводе войск с территории Чеченской Республики. В результате операции были уничтожены все находившиеся в здании на тот момент террористы и освобождена большая часть заложников.
8 сентября 2003 года. Захват в селении Ялхой-Мохк Курчалоевского района Чечни «амира», главаря крупной банды. В ходе операции погиб сотрудник «Альфы» майор Владимир Ульянов. Посмертно удостоен звания Героя России.
8 апреля 2004 года. Ликвидация выученика Хаттаба и одного из ближайших подручных террориста № 1 Шамиля Басаева — Абу Бакара Висимбаева, отвечавшего за вербовку «черных вдов» для совершения акции на Дубровке. Станица Шелковская, Чеченская Республика. В ходе операции погиб сотрудник «Альфы» майор Юрий Данилин. Посмертно удостоен звания Героя России.
1-3 сентября 2004 года. Освобождение совместно с бойцами «Вымпела» большого числа заложников, удерживаемых бандой террористов в здании школы № 1. Город Беслан, Республика Северная Осетия-Алания.
В течение двух с половиной дней боевики удерживали в заминированном здании 1128 заложников (преимущественно детей, их родителей и сотрудников школы) в тяжелейших условиях, подвергая людей морально-психологическому и физическому террору.
В ходе предпринятой (после подрыва в спортзале СВУ) спасательной операции, не имеющей аналогов в мировой практике спецслужб, погибли десять сотрудников Центра специального назначения ФСБ России. В их числе трое из Управления «А»: майор Александр Перов (Герой России — посмертно), майор Вячеслав Маляров и прапорщик Олег Лоськов — награждены орденами «За заслуги перед Отечеством» IV степени с изображением мечей.
8 марта 2005 года. В составе оперативно-боевой группы ЦСН ФСБ России ликвидация главаря Ичкерии Аслана Масхадова. На острие атаки находились сотрудники Управления «А». Село Толстой-Юрт, Чеченская Республика.
26 ноября 2006 года. Хасавюртовский район, Республика Дагестан. Ликвидация представителя «Аль-Кайды» и главаря всех иностранных боевиков, одного из руководителей и финансистов «джихада» в Чечне и в сопредельных регионах араба Абу Хавса.
13 мая 2009 года. Уничтожение «амира» Хасавюртовской террористической группы Арсена Асульбегова в районе горного селения Эндирей, Дагестан. В ходе боя погиб сотрудник «Альфы» капитан Руслан Холбан. Награжден орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени.
Май 2009 года и по настоящее время. Уничтожение террористического подполья, проведение специальных операций на территории Северного Кавказа в составе оперативно-боевых групп Центра специального назначения ФСБ России.
2 марта 2010 года. Ликвидация сотрудниками ЦСН ФСБ России идеолога террористического «Имарата Кавказа» Саида Бурятского (Александра Тихомирова). Поселок Экажево, Ингушетия. Старший — Юрий Торшин.
Зима 2014 года. Обеспечение безопасности Зимних Олимпийских Игр в городе Сочи.
16-17 июня 2016 года. Уничтожение крупной банды террористов Гасана Абдуллаева («Ясир») в Сулейман-Стальском районе Республики Дагестан. В ходе нее погиб сотрудник «Альфы» подполковник Игорь Марьенков. Посмертно удостоен звания Героя России.
Специализацией сотрудников «Альфы», как и раньше, является нейтрализация террористов, захватывающих воздушные и водные суда, наземный транспорт, а также удерживающих заложников в зданиях.
Региональные подразделения:
30 июня 1984 г. Председатель КГБ СССР В.М. Чебриков подписал приказ о создании 7-го отделения Группы «А» с дислокацией в г. Хабаровске. Его первым командиром, а по должности он являлся заместителем начальника Группы «А», был назначен М.В. Головатов.